曾被形容為「比川普更川普」的柯頓，自然不肯放過表態機會，寫了一篇評論〈出動軍隊〉（Send In the Troops），直接投給川普最痛恨的「人民公敵」、「假新聞媒體」、自由派大本營──《紐約時報》，頗有侵門踏戶的味道。
顧名思義，柯頓此文強烈主張派遣軍隊上街鎮壓示威的美國人民（暴民、罪犯、激進分子、無政府主義者），批評軟弱的地方政府首長（民主黨人）應對無方，完全不提這場「動亂」的深層社會脈絡、迫切改革需求，並呼應川普的指控：示威運動已遭到「反法西斯運動」（Antifa）等激進左派」滲透。有意思的是，川普與柯頓之流痛批「反法西斯運動」，等於間接承認自己是法西斯主義的同路人。
6月3日，紐時刊出〈出動軍隊〉，群情譁然，批判排山倒海而來，而且最可觀的聲浪竟然是來自紐時自家員工，一位又一位記者、編輯上推特（Twitter）痛批自家評論部門疏於查核與把關，竟然在紐時的金字招牌之下刊出這樣一篇文章：搧動仇恨、事實錯謬、代表掌權者、鼓吹國家暴力、威脅美國人民、讓紐時自家第一線黑人記者置身軍警暴力險境。
Running this put Black @nytimes staffers in danger. In solidarity with my colleagues who agree. pic.twitter.com/UfkZkE1xvj
— Jenna Wortham (@jennydeluxe) June 3, 2020
「我對我們刊出這篇文章深感可恥」
紐時前駐北京記者秦穎（Amy Qin）的反應頗具代表性：「6月4日是中國天安門事件31周年，一早醒來看到這樣的標題，既超現實又令人驚恐。」今年剛為紐時摘下一座普立茲獎（Pulitzer Prize）的漢娜─瓊斯（Nikole Hannah-Jones）更直斥東家：「身為黑人女性，身為記者，身為美國人，我對我們刊出這篇文章深感可恥。」
Surreal and horrifying to wake up on the morning of June 4 - the 31st anniversary of the Tiananmen Square crackdown - to this headline. pic.twitter.com/vNtiFz3vqq
— Amy Qin (@amyyqin) June 4, 2020
這大概是紐時繼2016年總統大選誤判選情之後，最嚴重的一場「危機」，引發內部爭論與調查。6月4日，班奈特親自執筆寫了一篇〈我們為什麼刊出柯頓的投書〉解釋決策過程，強調對於重大議題必須給予辯論的空間，讓公眾聆聽與回應，儘管這麼做可能會讓一些危險的論調披上「正當性」的外衣。
I want to explain why we published the piece today by Senator Tom Cotton. https://t.co/GvWwf7i0Wu
— James Bennet (@JBennet) June 3, 2020
評論部門與新聞部門的內戰
危機也驚動了紐時發行人沙茲伯格（A.G. Sulzberger），他在4日早晨發電郵給員工時還力挺評論部門，認為紐時必須「對一系列的觀點保持開放空間」。但爭議並未平息，評論部門與新聞部門繼續角力，甚至被形容為「內戰」，柯頓的文章實在問題太多，讓前者難以辯解，後者佔了上風。
4日稍晚，紐時轉向定調，發言人出面表示柯頓的文章「並不符合我們的標準」，刊行的編輯決策過程匆促草率。評論部門也亡羊補牢，在柯頓原文前面加上320餘字的「編按」（Editors' Note），列舉其事實與觀點的謬誤，讓柯頓大感不滿。
The civil war inside The New York Times between the (mostly young) wokes the (mostly 40+) liberals is the same one raging inside other publications and companies across the country. The dynamic is always the same. (Thread.)
— Bari Weiss (@bariweiss) June 4, 2020
但事態發展至此，班奈特已難久居其位。後續調查顯示，評論部門刊出柯頓此文之前，經手的人是主筆魯本斯坦（Adam Rubenstein）與副總主筆陶詹姆，班奈特並未看過。儘管班奈特為此道歉，但最後一根稻草已然落下。7日，沙茲伯格發出第二封電郵，承認言論部門運作出現重大問題，解決之道無它：打掉重練。
