早在1月25日年大年初一，蔡英文總統即指示研擬包機赴中國大陸「撤僑」；27日大年初三，海基會即發函海協會，要求協助武漢台人返台；但海協會始終已讀不回，甚至對外駁斥：「台灣方面聲稱，已就各種管道與對岸協調，包括與海協會進行溝通，完全與事實不符。」
直到1月29到31日間，美、日、韓、英、法等國，紛紛派包機到武漢撤僑；加上31日，武漢首度傳出台商確診，台商人人自危，武漢政府才開始正式，並且連夜召開緊急會議，一邊向上級呈報、一邊協調民航部門，安排台灣民眾返台。
台灣政府指派行政院副院長陳其邁全權負責首班包機接機事宜。他在疾管署的戰情室內，召集國安會、陸委會和內政部等部門緊急會議，指示接機以防疫為主，循過去H1N1大流行時，我國以包機方式接回滯留南韓台籍學生返台模式，避免交叉感染，繳交健康申報表、通過發燒篩檢、進集中檢疫所隔離14天。
為了尋覓集中檢疫所，陳其邁與內政部祕書長李孟諺忙得不可開交。李孟諺第一時間找的臨時處所，衛浴設備不夠完善，被陳其邁數落一番，立刻再循其他管道。陳其邁眼見班機就要降落，急得像熱鍋上的螞蟻。他突然把腦筋動到昔日同事、台中市長盧秀燕身上，並與台中市衛生局長曾梓展通電話，這兩位都是他可以說得上話的人。最終在台中找到檢疫所，連同烏來、林口兩處，備妥三處檢疫所，就等待台商進住。
陳其邁在疾管局成立了一個戰情室，在過年期間就開始運作，私下他們都俗稱「後台」，對應陳時中所領軍的前線指揮中心。每次身處其中，陳其邁都有種在「衡山指揮所」戰情室監督作戰的感覺。包機返台前的幾個小時，他一邊緊盯下機動線、一邊處理隔離安置問題，只要一發現問題，他就直接打電話到前線。行政院等相關部會，也會及時向他回報。
陳時中突然請纓，要親上火線，到桃園機場去。「前線已經有指揮官了，你可以不必跑一趟，否則搞一整個晚上，你沒辦法睡覺！」陳時中依然執意前往，「我得親自到現場才放心！」
接下來的狀況，令陳其邁大呼不可思議。按事前雙方協議，我方提出的二百多人名單，必須與包機名單進行核對之後，才准許登機；但中方一意孤行，直到登機前一刻，才丟出「艙單」（登機名單），陳其邁一看，人數不僅多出許多，還都是英文名字。「靠腰！我們不同意！」我方立刻喊停，無奈包機已飛上中國領空。
經過這麼一折騰，所有人陷入兵荒馬亂――內政部緊急確認清單，有疑義者由陸委會出面聯繫。
東方航空在2月3日晚間11點40分降落，在台協、台辦主導之下，包機變成「特權包機」。陳其邁證實，機上大部分是台商、但也有少數陸配，所有名單都不在我方掌控之中。陸委會副主委邱垂正也向媒體證實，首班機回來的人，只有二成多符合我方所提的優先名單。
