檢察官是法治國的守護人，但檢察體系內部運作卻不全然照法律走。在10日的司法改革國是會議第3組會議上，檢察官代表林達坦承，上級檢察官應以書面指揮下級檢察官，但這個規定長期沒有落實。高等法院法官林孟皇也說，檢察事務的分配應召開檢察官會議，不是檢察長說了算，但真正這樣做的檢察署很少。
當天會議討論檢察首長權限的議題時，林孟皇提出相關建議，以糾正這些現象。他主張，如有檢察首長未依規定將指示行諸於書面，受指示的檢察官應請求檢察官評鑑委員會對該首長進行個案評鑑；此外檢察官事務的分配、各組組長、主任檢察官的選任及組員配置，應由檢察官會議討論決定。
在討論當中，法務部長邱太三、法務部參事陳瑞仁、林達等檢察官代表都對這些主張提出疑慮。在後續討論檢察官擁有的強制處分權限應否受到限縮時，長期關注檢察官職權行使及審檢分立議題的知名作家張娟芬，對檢察官代表面對「檢察系統長期、系統性違反法律」的態度，提出嚴厲的批判。
檢察長長年忽略書面指令？ 林達：人事制度導致權限難制衡
張娟芬指出，法律規定要召開檢察官會議，也規定上級檢察官要用書面下指示，實際上都沒有做到，這些資訊讓她感到「很震驚」，尤其令她驚訝的是，對於檢察體系長期的、系統性的違反法律，「大家說起來的時候雲淡風輕，好像理所當然，本來就這樣，我沒有聽到一絲恥感，這個是嚇死人了」。
張娟芬說，執法人員怎麼可以選擇性的服從和不服從法律，「而且說起來的時候，完全沒有一絲的反省」；從這個角度思考檢察官的強制處分權，她認為，如果沒有適當的監督，把這麼大的權限給檢察官，「會濫權幾乎是必然的」。
對於張娟芬的重話，林達在會議上試圖澄清。林達說，台北地檢署這幾年的事務分配都在檢察官會議表決。至於書面指令，他說，「要看書面的型態是什麼」。
不過，在開始討論檢察長沒有以書面下指令的問題時，林達確實說，這是長期存在的規範，但實務上沒有被落實，國是會議再做提醒是正確的；「這個問題與人事制度有關」，人事制度導致檢察官自治難與檢察首長的權限制衡。
在說了這些問題後，林達也補充，書面指令其實可能也會形諸於簽呈或進行單，他決定起訴或不起訴後，將案件送給檢察長，「有時候也會被貼紙條回來」，例如他曾經忽略《個人資料保護法》有新的修正，檢察長有提醒他，他認為這「有糾弊功能」，下書面指令這個問題涉及「我們大家對書面的概念是什麼」。
檢察官應否揭發上級？ 馮賢賢：這是他職務的義務
針對書面指令沒有落實，陳瑞仁也有提改革建議。陳瑞仁反對林孟皇的提案，因為這形同要求檢察官有「吹哨子」的義務，「要不要強到這個樣子？」
陳瑞仁指出，他曾說過書面主義是檢察一體的「帝王條款」，非常重要，但他的提案比較「緩和」，沒有要受指令的檢察官主動揭發，而是主張沒有依《法官法》以書面附理由行使指揮權的檢察長應送個案評鑑，以查明是否應懲戒。
馮賢賢質疑陳瑞仁的提案如何落實，「誰將檢察長送評鑑？」馮說，長官要求檢察官違反職務，檢察官當然有責任、義務揭發，「如果檢察官連這樣子一點正義感都沒有，我要怎麼信任他們？這不是強度的問題，是他職務的義務」。
關於由檢察官會議決定檢察事務分配和人員配置的部分，邱太三明確反對。
邱太三反對檢察會議表決分案 尤伯祥：不要把檢察官都當笨蛋
邱太三說，這個議題其實不干部長的事，但他要提醒，透過表決，到時候有些工作恐怕無法由適任的人擔任，他本來就認為，各地檢署可以在檢察官會議討論這些事項，但沒有一個檢察長敢這樣做，因為如果表決的結果，是讓經驗、能力不夠的人偵辦重大案件，「那到底誰要來負擔這個責任？」
律師尤伯祥反駁邱太三，他指出，應該信任民主機制，「不要覺得人民都是笨蛋，也不應把檢察官都當成笨蛋，認為他們會做出不理性的投票結果。」
邱太三則堅持他的看法，他說，偵查是檢察官司法屬性的最核心，「機關的事務分配要搞到這樣子嗎？檢察長要不要對整體檢察署的工作表現負責？」
張娟芬批評檢察官，「他們的過錯不容檢視，他們的權力不容制衡」
張娟芬12日受訪時指出，林達在會議上針對她的批評所作的澄清，讓她覺得「很遺憾」。她說，林達是檢察官票選參加國是會議的代表，理論上代表檢察官的意見和態度，但他對檢察體系裡的這些違法現象仍「輕描淡寫」，看得出檢察體系對改革抱持的是「抗拒、不承認有錯、拒絕反省」的態度。
張娟芬說，她在整個分組會議的進行過程中，都不斷感受到這種態度，法務部和檢察系統反覆讓她感覺到，「他們的過錯不容檢視，他們的權力不容制衡」，他們事事都要求以法官作為比照的基準和對象，要用檢察官制衡法官的權力，但是當討論到檢察官的強制處分權時，「我們認為檢察官行使強制處分權，應有法官把關，這時候他們就不再講權力制衡的觀念了」。
張娟芬說，日本檢察官的徽章是「秋霜烈日」，檢察官像是大太陽，人民像秋霜，只要一不小心，人民就被檢察官人間蒸發，這個意象代表日本的檢察官對於自己的權力有充分的警覺，不斷提醒自己，自己的權力很大，有可能傷害人民。
相較於此，張娟芬說，她在國是會議感受到的是，台灣的檢察官認為自己的權力必須要很大，這裡頭有非常「素樸」的想法，檢察官的文化嚮往的是擿奸發伏，將壞人正之以法，當然希望手上握有很多尚方寶劍，但這些權力運作的時候，確確實實造成很多人權侵害，這些問題，檢察官似乎一直拒絕去面對。
「檢察長挑選承仰其意志的檢察官辦案，尤其是社會矚目案件」
就檢察首長權限問題，10日的會議最終通過4項決議：1.檢察官會議之權限應予擴張，以適度節制檢察長之指揮權、2.檢察首長行個案指揮監督權、職務收取權或職務移轉權時，應以書面行之，未依規定提出書面時，應構成個案評鑑事由、3.檢察官事務分配應由檢察官會議決定、4.檢察官分組辦事，各組組長（主任檢察官）的選任、組員的配置等，皆應由檢察官會議討論後決定。
林孟皇15日受訪時指出，政治部門過去透過人事控制與案件控制，使檢察官成為統治者的工具，透過檢察首長對檢察事務的監督權限，包括所謂的案件指分權等等，使檢察官對案件的偵查，以及作出起訴或不起訴的處分，都受到控管。
林孟皇指出，法官審理案件是抽籤決定的，檢察體系原則上也要隨機分案，如果檢察長要指定分案，必須要行諸於書面並附理由，「這個內部規範已經一、二十年，但是從來沒有被落實」。他指出，檢察長透過指分的權限，自然把案子分給會仰承他的意志辦案的檢察官，尤其是社會矚目案件，而檢察官為了升遷，也會照辦，透過檢察官會議的機制分配檢察事務，可以避免這個情況。
林孟皇說，除了內部規範，2012年7月開始施行的《法官法》也明確規定，他在那3年內問過全過各地的地檢署，幾乎都沒有針對檢察事務分配召開檢察官會議，有的是極為少數，台北地檢署也是他在2014年5月在檢察官論壇貼文質疑後才召開，希望這個決議做成後，檢察長不會再非法搞「紅牌檢察官」。
