賴恭利的談話，引發邱太三再論4月26日的這項方案。邱說，「如果大家認為司法院的作法比較民主，我坦白講，我比較喜歡那種，因為人選不是你們（人審會或檢審會）決定，是我決定，你們只有否決權，不聽我的話的永遠沒機會進去」，「那一種對人事的干預較強？」儘管賴和林孟皇解釋，依司法院的制度，院長向人審會提名前還有很複雜的篩選機制，並非院長想提誰就提誰，但邱仍說，部長只有圈選權有違責任政治，這2個派任方式各有利弊，「我沒有意見」。
（五） 檢察總長的選任改革未通過 邱太三：檢察總長任命經國會同意 「總長當然欠總統情」
檢察總長現由總統提名，經國會同意後任命。相關改革4月26日表決未通過。
改革主張：
林孟皇主張將選任方式改為，由檢審會提出3到5名人選，經法務部長圈選，由行政院送國會同意後任命。他說，在法務部體系下，檢察總長某種程度而言是部長下屬，但部長對總長人選卻沒有任何權限；為使刑事政策順利推行，部長對總長的任命應有一定程度的參與和權限，以符責任政治、民主問責原則。
尤伯祥指出，在目前制度下，國會對總長行使同意權後，除了透過預算控制，總長行使職務的權力就完全不受國會監督，這項提案就是要回答這個問題；儘管總長是軍令系統的老大，「無論如何仍必須受民主問責原則的拘束」。
李佳玟表示，現行的體制非常矛盾，總長由總統提名，國會同意，他的民主正當性高過法務部長，他是檢察事務的老大，但對於檢察長的人事卻又沒有權限，這個提案可以讓整個系統的權責相符更明確。
陳瑞仁：總長對個案有指揮權，是軍令系統的老大
法務部及檢察官代表意見：
陳瑞仁指出，總長對個案有指揮權，是軍令系統的老大，部長是政令系統的老大，有人將2者比喻為參謀總長、國防部長；以總長是部長下屬的觀點設計制度，可能會讓政治力介入司法，他覺得有相當的危險。
邱太三指出，檢察官不是法官，檢察官有司法官的屬性，絕對不是行政官，這項提案是基於檢察官是行政官的思維，才主張人選由行政院（而非總統）送國會同意。邱說，法官也沒有被人民檢視或民主問責，通過考試就可當一輩子，司法院長也不用到國會備詢，這就是因為「我們國家的制度運作至今，很多人偏好，要讓法官有獨立性，就是誰都不能管他」，縱使變成恐龍、奶嘴法官都一樣。
邱太三也質疑法官、檢察總長等人事案經國會同意的必要性。他說，當年他就反對讓總長的人事案送國會同意，因為人事案要通過國會，只能靠總統下令運作，「總長當然就欠總統情」，台灣的政治怎樣運作，「其實不是我們這些人可以想像的到的」。對於第2組4月24日通過改變終審法院法官的選任，讓總統圈選，且不需經國會同意，邱太三說，坦白講他「滿同意的」，以台灣的政治環境，要將法官和檢察總長的人事案送國會同意，「真的要慎重」。
