CNN並指出，從北京的利益來看，控制班禪最重要的目標是，班禪傳統上具有指認達賴喇嘛轉世靈童的權威。現年84歲的達賴喇嘛曾表示，在他圓寂之後，可能會在印度找到他的轉世靈童，但中共當局必定也會指定一位「官方」繼任者。如果未來出現2名達賴喇嘛，他說：「一位來自印度，一個自由的國度；另一位則是中國政府選擇的，那麼沒有人會信任、尊重中國選擇的達賴喇嘛。」
CNN認為，從北京親自指派班禪的態度來看，干預西藏數百年活佛轉世系統的意圖已經非常明顯，最終目標就是要控制藏傳佛教的兩大精神領袖。根據中國制定的《藏傳佛教活佛轉世管理辦法》，「活佛轉世應當履行申請報批手續」，轉世靈童必須報請國家宗教事務局與國務院批准，否則被視為「非法」、「無效」。
達賴喇嘛曾駁斥國家立法管制活佛轉世系統的荒謬做法，他認為中共官員無權確認他的繼任者，因為他們是無神論者，「坦率地說，他們是一派胡言……如果要讓中國政府承擔轉世的責任，那麼中國共產黨必須先接受輪迴理論。」
但是不管達賴喇嘛最後是否保留轉世制度，許多專家預期，北京或西藏流亡政府都可能會提出他的繼任者，造成類似於現今的兩個班禪喇嘛困境，加劇藏傳佛教精神領袖認定分歧的危機。
與達賴走不同的路，十世班禪堅守西藏、對當政者語誅筆伐
1959年3月，解放軍大舉侵入西藏，與藏族軍民爆發血腥武裝衝突，迫使時任西藏政府領袖達賴喇嘛、高官與萬名藏人流亡海外。十世班禪選擇留在西藏，接受中國政府任命的西藏自治區籌備委員會代主任職務。對於北京當局的西藏政策，十世班禪勇於提出嚴厲撻伐、呼籲終止野蠻虐待藏人，1962年編寫《七萬言書》，1964年參與萬人集會表達支持西藏獨立、達賴喇嘛才是西藏最高領袖。
文化大革命期間，十世班禪的行事作風與《七萬言書》內容讓他大受批鬥，鋃鐺入獄13年，遭到暴力酷刑。1978年鄧小平主政後，因文字獄迫害入獄的十世班禪獲得平反，恢復中國共產黨和政府職務，在西藏實施一系列重建藏族文化、宗教、語言、習俗的改革，贏得許多藏人的愛戴。但作為藏族二大領袖之一的班禪不改作風，時常抨擊中共。
1987年3月，十世班禪在中共人民代表大會上表示：「1958年我在青海聽到黨內文件上說『要挑起叛亂、壓出叛亂，然後在平叛過程中，徹底解決宗教和民族問題』」，隔年談及警方在藏區騷動中向圍堵警局的藏民開火，造成人員傷亡，與中共官方聲稱「警察從未開槍」說法相衝突。
1989年1月28日，班禪在日喀則主持歷代班禪靈塔開光儀式後，因急性心肌梗塞病發突然逝世，享年51歲。但活佛驟逝也使得謀殺陰謀論甚囂塵上。
