不過，這次內閣改組女性閣員比率創下新低，女性閣員比率不僅比2016年林全內閣組閣時還低，更遠不及馬英九政府時期宣誓「性別主流化」，女性政務官比例達3分之1的目標，內閣名單公布後，婦女團體紛紛提出批評。
對於外界批評，李孟諺表示，這次內閣改組有4位閣員是女性，包括勞動部長許銘春、公平會主委黃美瑛、台美會主委楊珍妮以及促轉會主委楊翠，「蘇院長對於兩性平權非常重視，從去年〈大法官會議釋字第748特別法〉就可以看出行政團隊對於兩性平權努力，未來也會秉持這樣精神。」
「我們對女性同胞的重視，不只在任用女性閣員呈現，重點是法案的推動，政務委員羅秉成過去一段期間，在推動兩性平權有很大努力，行政院會在適當時間對外公告。」
陳其邁可能投入高雄市長補選？李孟諺無法回答
針對媒體關切，行政院副院長陳其邁是否會在6月6日高雄市長韓國瑜罷免案通過後，辭去副院長職務投入補選，李孟諺表示，「這些都是假設性問題，高雄選舉都還有很多未定數，目前無法回答這個問題。」
另外，在日前總統府宣稱遭駭客攻擊後，有洩露府院人事協商的溝通文件，內容涉及國家通訊傳播委員會（NCC）4名新任委員提名人選折衝過程，國民黨立委準備予以杯葛，李孟諺表示，總統府先前已澄清，這是被變造偽造的假訊息，用偽造文件臆測提名人選是不必要的，行政院在提名時，特別考量平衡性，提名人選都是無黨籍，秉持獨立機關獨立運作精神，也希望藉此建立典範。
