錢其琛卸任外長後繼續擔任副總理,期間先後發表過引起香港民主派及其支持者不滿的言論。這包括在2001年表態支持首任行政長官東董建華連任,以及在2002年針對香港《基本法》第23條所規定的國家安全法立法安排,批評對國安法感到憂慮的人「心中有鬼」。
結果,2003年7月1日,港府國安立法草案引發50萬人上街遊行,草案被撤回,時任保安局局長葉劉淑儀下台,而董建華本人在2005年3月「腳疼下台」。
台灣與「錢七條」
就在錢其琛主持收回香港事宜期間,他在1995年發佈了《香港涉台問題基本原則與政策》,這七條規範台港兩地人文政治交往與台灣機關駐港人員等的七條政策條文自此被稱為「錢七條」。
台灣媒體紛紛注意到,錢其琛退任副總理後編著了《外交十記》回憶錄,當中還談到了兩件涉台事件。其一是1995年台灣總統李登輝訪美。錢其琛寫道,美方宣佈此消息前1個月,時任美國國務卿克里斯托福(Warren Christopher)才向他承諾過不會讓李登輝訪美,因此最終結果讓他感到「震驚」,而中美雙方的高層往來也一度停擺。
其二是台灣向法國採購拉法葉艦與幻影戰鬥機一事。錢其琛形容那是一場「鬥爭」,北京指示中國駐法使館與巴黎當局交涉,但沒能改變發方決定。只是錢其琛也許不會想到,這起軍售後來演變成一起貪污腐敗案件。