總統蔡英文即將於5月20日展開第二任期，但今（16）日驚傳駭客入侵總統府系統，並以府方名義散布多份文件，總統府緊急對此澄清信件內容為變造，並非事實。而其中一份流出文件中寫道，副總統陳建仁建議，若不希望中研院前院長李遠哲續任資政，直接不續聘即可。
總統府今日遭駭客入侵，並向媒體發出多份文件，其中包含總統蔡英文與行政院長蘇貞昌密會資訊，以及各部會人事變動等內容，府方對此則澄清，內容為臆測拼貼，非屬事實。
其中一份談及內閣人事的信件中，提及監察委員、考試委員、中華經濟研究院（中經院）人事討論過程。當中更提到，陳建仁建議，若不希望李遠哲續任資政，就不用特別去講，只要比照另一位資政吳澧培直接不續聘，並對外說明「尊重其意願」，但若直接去講可能會演變成續聘，未來還是有辭職風險。
2019年1月，民進黨遭逢九合一選舉大敗，蔡英文辭去民進黨主席一職，當時李遠哲、吳澧培、總統府前資政彭明敏及長老教會高俊明牧師等4人曾發出公開信，要求蔡英文放棄競選連任。
