蔡英文總統競選期間，針對美豬進口議題，曾經講過「台灣豬要有競爭力」，攸關台灣養豬業升級水污費與沼氣發電設備補助，今年同步上路，農委會方面希望豬糞尿沼氣發電設備，今年能涵蓋100萬頭豬，目前申裝狀況並未達預期，環保署補助部分，目前申裝家數仍然掛零，胡蘿蔔還沒有嚐到，棍子卻將揮下，環保署預計今年7月正式開徵畜牧業水污費，一頭豬每年水污費40元，部分縣市開辦初期雖然有打折，但對豬農來說養豬成本仍略有增加，「所幸最近豬價不錯，豬農尚未出現反彈」，農委會官員說。
環保署2015年3月31日修正《水污染防治費收費辦法》，將畜牧業廢水納入徵收範圍，但給予2年緩衝期，今年7月將首度徵收上半年水污費，搭配農委會「新農業政策」的豬糞尿沼氣發電設備補助，希望藉此推動農業廢棄物循環經濟，提高台灣能源自給率。
沼氣發電電價不下太陽能 每頭豬每年可多賺達600元
有鑒於台灣豬農目前飼養方式，仍是以抽取地下水沖洗豬舍，廢水厭氧發酵產生沼氣後，仍需排放大量廢水，為降低豬農廢水處理成本，環保署最近公告的《水污染防治措施》還網開一面，同意養豬戶糞尿，經厭氧發酵或曝氣處理後，所產生之沼液沼渣，經農業主管機關同意，得將沼渣、沼液作為鄰地土壤肥分。能源局將沼氣發電躉購電價，大幅調高為每瓩5.0087元，跟屋頂型太陽能發電躉購價不分軒輊。
農委會方面原本預估，這項政策胡蘿蔔可望讓每頭豬每年增加600元沼氣發電收入，不過開辦迄今，距離農委會今年100萬頭的政策目標仍然遙遠，但畜牧業水污費2年緩衝期結束，7月起，全台7609場養豬場544萬2000頭豬隻，每隻每年將徵收40元水污費，以上半年計算，大約為1億元的成本。
環保署水污處專門委員魏文宜表示，為了鼓勵豬農提高污染防治設備，畜牧業水污染防治費可以採取3種方式申報，第一種是按照放水質與水量徵收，每公斤化學需氧量（COD） 12.5元，懸浮固體0.62元，中小型豬農若覺得用水質水量計算太過麻煩，可以選擇以符合放流水標準90%計費，或者是以養豬頭數計算。農委會方面預估，絕大多數豬農都會選擇以養豬頭數繳納水污費。
沼渣沼液當肥料免繳水污費 全台37養豬場作推行先鋒
魏文宜強調，由於目前養豬業沼氣發電，所採用的「三段式處理」，沼渣沼液在排出以前，必須先經過「曝氣」，過程中抽水馬達必須大量耗電，佔整體沼氣發電成本的84%，為了降低豬農成本，環保署同意豬農可以跳過「曝氣」階段，在農政單位協助下，讓沼渣沼液就近排放到鄰近農地，作為土壤肥分，這部分不必繳納水污費，但必須檢具灌排計畫書。
「畜牧業廢水排到河川，是錯置資源，政府希望透過政策補貼，鼓勵養豬業糞尿經過厭氧發酵產生沼氣發電，剩下的液體與固體，能夠作為農地肥分使用」，魏文宜說。
魏表示，目前全國養豬戶有37場大型養豬場，已向農政單位提出沼渣沼液轉作農地肥分使用計畫，環保署希望以這37場作為種子，推廣豬糞尿資源化，但有鑒於全台飼養頭數在200頭以下養豬戶，高達3375戶，佔整體養豬戶45%，為讓小型養豬場能夠集中處理廢水，農委會在雲林褒忠與屏東九如，正在興建污水共同處理廠，但尚未開始運作。
今年7月將正式開徵，豬農每頭豬每年必須繳納40元的水污費，配合畜牧業水污費開徵，農委會與環保署也加碼豬糞尿沼氣發電設備補助，以目前全台養豬544萬2000頭計算，不過，畜牧業水污費開徵，勢必將帶動養豬業成本的增加。
水污費按豬隻頭數計算 農委會盼杜絕偷排污水
農委會官員表示，養豬業每頭豬課徵40元水污費的政策，2年前在《水污染防治費收費辦法》修法後即已確立，現在2年的調適期到期，環保署也同意沼渣沼液，可以轉做農地肥分，豬農可以選擇將厭氧發酵後的廢水拉管排放，或是選擇沼渣沼液資源再利用，加上水污費上路初期給予6折的漸進式費率，「7月份開徵，到目前為止，還沒有聽到豬農醞釀反彈」，官員分析，豬價目前相對較好，是豬農對水污費政策較能接受的主因。
官員表示，從豬農角度，將廢水直接排放到地面水體，當然是成本最低的作法，但這樣的作法只是把成本轉嫁給社會大眾，讓民眾承擔污染後果，水污費的開徵就是透過政策，鼓勵農業廢棄物資源化再利用，若因此導致養豬成本增加，也是值得的投資。
對於水污費今年上路以來，彰化二林、屏東萬丹、九如等地，仍然陸續發生養豬戶趁連假或深夜偷排廢水的情形，農委會官員強調，目前水污費徵收方式，不是在養豬場外掛掛水表，計算廢水排放量，而是以養豬頭數計算應繳的水污費，「不會因為偷排，水污費就少算」，各縣市環保局針對廢水偷排，已加強取締，《水污法》修法後偷排、繞排廢水罰款，也大幅調高為20-2000萬元，豬農應該有所警惕。
