被問到是否了解改革派將檢察官定位改為行政官的理由，吳巡龍說，他聽過有人從「私心」的角度解讀，檢察官的羈押權被移轉到法院前，檢察官的權力更大，當時有相當比例的檢察官認為，主張檢察官是行政官的背後，是律師聯合審判系統削弱檢察官的權力，因為其結果將有利律師攻防，檢察官也不會在法庭上分享法官的權威性；但他認為，不應用這個角度看事情，司改要從公義的角度出發，而不是從各自群體的利益，檢察官能否發揮打擊犯罪、追求公義的功能，和身份沒有關係，而是「與獨立性有關」，但在身份上，司法官的獨立性高一點。
對於改革派將檢察官定位為行政官，近期也有檢察官在檢察官論壇表示支持。
有檢察官在4月25日留言指出，「司法官」3個字只是「稱謂」，「就跟警察叫你『檢座』一樣」，「聽了爽而已」；重點在於內容是否有彰顯「外部獨立、內部民主」等特質，讓檢察官行使職權的時候，能不受干預。
林孟皇推另立《檢察官法》，但並未通過
為推動檢察官行政官化，林孟皇等人推動另立《檢察官法》、《檢察署組織法》，讓檢察體系的規範從《法官法》、《法官組織法》獨立出來，以明確檢察官的職權，確保檢察權職務行使的獨立性，並貫徹審檢分立與權責相符。
林孟皇的這項提案在26日司改國是會議第3組分組會議討論，但沒通過；另外關於一審主任檢察官的選任方式，會議通過「以檢察官票選推薦為原則」，現行制度是由檢察官人事審議委員會提名1.5倍的人選，給法務部長圈選。
有檢察官在4月22日留言表示，高層對人事改革的態度是以拖待變，一年過一年，只不過要求主任票選要「真普選」而已，就在那邊推三阻四，「這是有什麼大學問或是需要大工程？實在看不出來」。這名檢察官說，雖然檢察官具司法官屬性，升遷的誘惑、壓力不曾少過，每年跟行政院機關員工一起接受行政院模範公務員頒獎，「這就是所謂的『司法官』？」他支持《檢察署組織法》，就算是行政官，也寧願當個「內部民主、獨立的行政官」，而不是「形式上的假司法官」。
