「陳文成在警總保安處待了12.5小時，檔案譯文只有6小時」
據警總說法，陳文成是當天早上9點到警備部保安處、晚上9點派車送回家，待了12.5小時，但尤伯祥說，就目前檔案留存的錄音譯文只有6小時、找不到原先的錄音帶，譯文還有許多刪節號、前言不對後語，無法確知陳文成在警總遭受怎樣的對待。
至於「送返住處」一說，經促轉會調查，陳文成住處離被偵訊地點僅2公里，警總雖聲稱是晚上9點半將陳文成送返，但就證人目擊軍官護送過程的說詞，是在「晚上10點半」看到陳文成與軍官的──從愛國西路送回陳文成的住處、短短2公里開車竟能花上一小時，這時間點顯然不合理；此外，就目擊證人說法，看到的陳文成與護送軍官是「一高一矮」的兩名男子，但經促轉會調查，發現兩人身高只差1公分，陳文成身高168公分、所謂軍官167公分，這說詞也有漏洞。
至於警總聲稱陳文成偵訊結束後去找的友人鄧維祥，其說詞也有諸多漏洞。鄧維祥說陳文成在他家寫了封信，但陳文成的陳屍現場沒有找到這封信、警總後來下令追查也找不到；鄧維祥表示陳文成有說自己可能會被判刑10年以上、請他照顧妻小，但當陳文成喪命消息傳出，鄧維祥第一時間找的也不是其家人，而是找警總作證。
此外，雖然有證人表示凌晨1點半看到陳文成登上台大研圖樓梯，但1982年官方「明園專案」調查、現場驗證兩位目擊證人說詞，就已證實根本不可能在證人所講的位置看到陳文成、或目擊陳文成走上樓梯。
台大法醫：傷痕是「長條狀有不規則邊緣的鈍狀物體」所致，台大研圖非第一現場
本次促轉會調查也經台北地檢署協助得到當年陳文成遺體相驗完整卷宗畫面、由台大法醫所教授李俊億再次鑑定，得出第三個發現是：陳屍處並非第一現場，他殺可能高。
尤伯祥說，第一疑點是雖然當年相驗結果認為陳文成從研圖5樓陽台掉下來、撞到2樓平台、跌落水溝上造成背後傷痕，問題是陳文成屍體被發現時是與水溝「平行」，遺體照片上的傷口卻是「垂直」的；再者，旁邊草地其實比水溝邊緣更高，陳文成掉下來的話背部撞不到水溝邊緣，無法造成那樣的傷痕。
此外，陳文成的襯衫破裂痕剛好與陳屍方向一樣，鑑定人李俊億認為造成傷痕必然是「長條狀有不規則邊緣的鈍狀物體」所致，且襯衫破裂痕下方有血跡，應是屍體受到致命傷痕後慢慢滲血又遭拖拉造成──意即，陳文成的傷勢跟衣服裂痕都非撞擊水溝造成，陳文成遺體被發現的位置並不是第一現場，其受到致命傷害（背部兩條）後曾被外力移動過。
最後一個發現，是情治單位介入偵辦、阻礙家屬追求真相。尤伯祥表示，陳文成案發生後地檢即被警總架空，偵辦方向被警總決定、定調案件就是「畏罪自殺」，且偵查方向定調後情治機關也持續監控家屬，不可對案件有質疑──因此，家屬陳庭茂無論是發表紀念文集、在國外求援都被警總阻礙，警總甚至在陳家人內部造成分化，任何跟「自殺」相反的說詞都不能在台灣社會流通，而種種掩蓋真相的行為，也強化了警總涉案嫌疑。
