而警察的核分制度主要是在移送或報告偵辦時可以得到分數（至於最後定罪與否則非重點！），這也導致部分司法警察抱持著把案件丟到地檢署就有分數的心態，至於把案件丟給檢察官後的後續調查，只要檢察官不核退案件，就抱持著敷衍的應付心態；警察體系與媒體之間耐人尋味的關係以及績效文化也常常導致偵查不公開的規定形同具文，甚至導致串證、滅證以及未到案共犯逃亡。實務上曾經發生重大新聞案件，司法警察將人犯解送後，無視該案係以串證為理由而羈押被告，檢察官忙著防堵串證，司法警察機關忙著開記者會洩漏案情以彰顯其等破案的功勞；共同被告已經串證且否認犯罪的重大命案發生後，移送偵辦的司法警察以「風太大」為理由而拒絕檢察官要求「搜山」（而不是出海！）找凶器的指揮，導致檢察官必須親自帶著另一批非移送單位的司法警察執行搜索等工作，當檢察官親自衝往第一線時，表示沒有空看監視器與參與搜索的承辦員警正在辦公室內看電視，顯然抱持「反正分數拿到了，案件的成敗就交給檢察官了」的心態。
調查程序與蒐證品質與參差不齊，也是我國第一線司法實務的頭痛問題。命案相驗程序進行時承辦員警忘記拉封鎖線、未帶相機與手套、勘驗斷電民宅不帶手電筒、承辦員警站在監視器正下方睜著眼睛和檢察官說這裡沒有監視器、到達勘驗現場後才發現被告不在車上（開車時忘記點車上的人數），這些都是實際發生的案例。甚至還發生過犯罪現場有監視器，當事人於警詢時請求警察調閱監視器，但警察沒有把當事人的要求記進筆錄中，也沒有及時調閱監視器，直到審判中辯護人突然提出一片監視錄影光碟要求法官勘驗，法官指揮警察重新前往現場查看有無監視器，警察不但沒有去看，反而函覆法院該地沒有監視器，法官請公訴檢察官偕同前往案發現場進行勘驗，結果好大一支監視器掛在案發現場。實務上不乏第一時間司法警察回報沒有監視器，檢察官親自（或打電話要求隊長或小隊長）前往現場發現卻找到監視器，這類「檢察官要求後證據突然『變』出來」的神奇事件。
警紀問題，更是偵查第一線惱人的問題。例如取得搜索票後，隊長或小隊長開始進行搜索人力之調度時，賭場突然散了；檢察官將案件發交給某司法警察機關調查後，突然風聲走漏，被告與證人供詞一致；媒體刊登於新聞的相片，和檢察官手上拿到司法警察陳報的相片完全一模一樣；檢察官調取被告及被告家屬的通聯記錄後，發現其等與承辦司法警察有多次的通聯……。這些問題，導致難以進行有效的偵查作為，不只困擾檢察官，也困擾有心辦案的認真基層員警。
