SARS時，因台北市政府與中央對峙，台灣陷入疫情浩劫。我國後來修正了法律，地方若不聽話，中央有可以要地方「惦惦」的霸王條款。《傳染病防治法》第75條明定：「本法所定地方主管機關應辦理事項，地方主管機關未予辦理者，中央主管機關得命其於一定期限內辦理之；屆期仍未辦理者，中央主管機關得代為執行之。但情況急迫時，得逕予代為執行。」
以媽祖停止遶境決策為例，中央其實可以逕自下令停止舉辦。但陳其邁說，對這樣的事情必須「有策略」。他表示，雖有霸王條款，但社會沒有經過「共識」的過程是不行的，因此讓民主走在霸王條款前面，「那個條款我們幾乎不動。」後來鎮瀾宮董事長顏清標也在民意強大反對下，宣布停止遶境。
陳其邁也強調，這次整個防疫，例如居家檢疫、隔離，需要地方與中央密切配合。他解釋，因有了SARS中央與對方對抗的慘痛經驗，民進黨政府極力避免此事，目前為止對地方政府「非常客氣」。
他說，地方首長關心防疫沒什麼不好，不過做法必須務實。例如封城，是最嚴重的第三級劇本，在那之前還有第一級的減少去舞廳、娛樂場所等不必要活動，第二級的停止上學、工作等，為什麼跳過前面的劇本，直接去演習最強的封城那一級？陳其邁說：「不同階段要做不同的事，不是看人家在封城，你就封城，台灣還沒到那個階段。」（楊舒媚）
