連假之後，確診病例激增，28日，北海道大學流行病學教授西浦博，要求東京都政府採取更強硬的防疫手段，於是小池百合子在30日的記者會上呼籲民眾暫停進出深夜營業的酒吧、俱樂部、卡拉OK和演唱會等群聚場所，不僅平日晚上，週末也盡量減少不必要的外出活動，更要避免通風不良的密閉空間、多人聚集的場所和近距離交談。
西浦表示，厚生勞動省群聚感染對策班為種種不便民的要求而感到抱歉，然而30%的新病例確實來自這些夜間營業的娛樂場所，而且很多人不願透漏行蹤細節。三月底以來，每日發表的新確診人數都遠遠超過一百人，根據NHK數據，4月11日甚至一天內就新增719病例，而無法追溯來源的感染也迅速增加。
照這個趨勢看來，原先日本的防疫沙盤幾乎全線崩壞，迫切需要新的方針以防堵疫情繼續擴大，以及更積極強硬的配套措施，並放寬篩檢資格，但押谷仁表示政府的專家團隊早就反覆討論過擴大篩檢，這也是新政策之一，但目前每日篩檢量有限，又無法迅速設立新的病毒檢驗點，才造成如今狀況。押谷仁認為，現在日本醫療系統瀕臨崩潰「近乎災難」。
官僚失職 政策應對不及
如今看來，日本的防疫缺口，在於政府與官僚體系，他們應當中介專業人士的危機感與一般大眾放鬆態度，讓民眾了解事態嚴重，並配合自肅、實行社交疏離（social distancing）。
曾登上「鑽石公主號」、下船後扮演「吹哨人」的神戶大學醫學教授岩田健太郎指出，從歷史上來看，日本非常不擅長變更策略，「如果我們開始執行A計劃，那我們很難轉去B計劃，或根本不會想要制定B計畫，因為那代表我們承認A計畫失敗。很多主導防疫的人、尤其是官員，很討厭失敗的可能性。」
然而否認失敗並無助於現況。東京都醫師會4月6日便發表「醫療危機狀況宣言」，指出東京都的病床數、醫療用品、甚至醫療人力，都面臨資源不足的窘境，而日本重症加護醫學會（JSICM）則警告加護病床及護理師非常短缺。確診病例不斷攀升，不僅東京、大阪、沖繩、福岡等8個都府縣空床不滿20%，幾乎每間醫院的口罩和防護服都不足，更有醫院人手不足，確診護理師仍須出勤的情況。
緊急事態宣言亡羊補牢
4月7日，安倍終於對東京都、大阪、神奈川、埼玉、千葉、兵庫、福岡等7個地區發布「緊急事態宣言」，並在16日將緊急事態適用範圍擴大到全國。地方政府可限制居民外出，關閉學校、商店、體育館、旅館等設施，限制舉辦活動，但儘管民眾違反相關規定，也不會遭受任何處罰。據統計，東京地鐵的通勤運輸量和鬧區人潮雖減少約六至七成，但遠不可能達成目標的八成，而且政府沒有強制措施確保民眾執行社交疏離，只呼籲少出門、在家工作。
在緊急事態之下，政府要求風俗店歇業，酒吧和餐廳則能開到晚上8點。不過就在7日東京進入緊急事態之後，眾議員高井崇志遭雜誌踢爆前往風俗店消費，後遭民主黨開除黨籍。需多風俗店歇業之後，性工作者頓失經濟來源。儘管性工作者確定適用緊急紓困措施，但職業別和收入形式與其他勞工截然不同，很難走完申請流程確實領到補助原先收入的金額。
日本疫情尚未見到趨緩跡象，醫療系統面臨嚴峻考驗，為防疫而斷了收入的人寄望政府紓困措施，而黃金週長假緊接而來，若無有效應對措施，三月連假後的感染潮很可能重演。安倍日前表示，目前是決定是否結束緊急事態的關鍵期，呼籲民眾假期也避免外出，可利用視訊「線上返鄉」，參考專家建議改變自身行動。
