海軍敦睦艦隊自帛琉返台，航程中曾有五人發燒，四月十四日登艦進行檢驗時卻未發現異常，全員於十五日下船後，先於十八日爆出三起確診案例。經緊急召回檢驗，截至二十一日共有二十七起確診案例。官兵足跡遍布十縣市、九十餘地點。
國防部長嚴德發於二十一日晚間記者會公布初步調查報告，防疫破口指向海軍未落實上艦疫調等風險管理所致；首波懲處名單包括海軍艦隊指揮部指揮官高嘉濱、敦睦支隊長陳道輝均調離現職，未來會再依檢討事證，擴大懲處。
蔡英文與黃曙光三度同台
嚴德發強調：「個人絕對會負政治責任，已向總統自請處分；我接受所有處分，包含請辭。」海軍司令劉志斌亦自請處分，至於參謀總長黃曙光是否也應懲處，嚴德發稱，要視後續事證檢討，上將權責由總統決定。
嚴德發也扛起核定敦睦艦隊出訪責任。他在二月十九日曾向總統報告計畫內容，「總統表示尊重」。
國防部於二十二日向立法院外交及國防委員會提出專案報告前，公布初步懲處名單，被媒體視為先行止血。
這起軍艦離奇群聚感染出現三種可能源頭：
首先是中央流行疫情指揮官陳時中十八日說：「我們高度懷疑帛琉有潛在病例。」外部專家、台大醫生李秉穎則直言：「就是在帛琉感染。」但是「基於邦交國，我們不好意思明說」。
另一說是艦隊自九日起停靠左營，十五日才能下船，在這六天期間，有包商等人員上下艦所致，但已遭國防部否認。不過台南市疫調卻發現，十四日就有確診官兵下船購物。
第三種以「祕密任務說」可能極高。帛琉與關島相距一千多公里，國會傳出敦睦艦隊出訪期間執行祕密任務，捐贈口罩給關島美軍接觸所致，但軍方已否認。
對於感染源頭，國防部強調要待完成檢驗後才能確認。
至於十五日一同校閱結訓典禮的黃曙光、劉志斌均進行自主健康管理，軍方稱兩人並未出現任何症狀。只是黃曙光曾於四月九日艦隊歡迎儀式、十三日總統府宣誓典禮、十六日官邸例行會議，三度與總統蔡英文同台，雖保持安全社交距離，仍引發外界疑慮。
總統府強調，目前總統無被感染風險，正由醫療團隊密切關注總統健康。
陳時中坦承有「誠實疫調」疑慮
軍醫局原向國會說明，擔任旗艦的磐石艦共有三七七名成員，航程中曾有七十人看診七十一次紀錄；其中有五人發燒，經收治船上隔離病房後痊癒。國防部於二十日清查後改口，看診有一四八人、二二六人次。中央流行疫情指揮中心已對這五位曾發燒的官兵抽血檢驗，發現有三人出現抗體，指揮中心推論在三月二十一日至二十六日前可能發生過至少一波感染。
敦睦艦上七四四位官兵於二月二十一日登艦，均先完成檢測。三月十二日訪問帛琉，在帛琉總統接見、戶外歡迎獻花、壘球友誼賽等活動，官兵均未全程戴上口罩。
嚴德發於十七日接獲三人確診初步訊息，立即召集相關單位編成專案小組，啟動危機處理機制，為調動車輛、開放檢疫所、支援人物力和消毒作業備戰。十八日將全員緊急召回，分別安置於六個檢疫所、一處軍營集中檢疫。十九日有二十一人確診，二十一日有三人二採確診，磐石艦已全員抽血檢驗。
外界不禁質疑，海軍是否有隱瞞情形？中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中稱，艦上醫官看來「判斷錯誤」，他擔心有「誠實疫調」困難、「下情難以上達」。會有誠實疫調疑慮，是因為國軍不斷掛保證出訪全程戴口罩、全員健康無狀況、十四日登艦採檢呈陰性等說法，正確性一再遭到打臉。
究責「防火牆」最高到國防部？
在野黨質疑小英與國安團隊要負決策責任。關於究責「防火牆」層級，高層已畫下由國防部釐清的底線。如爆發全台大規模社區感染，嚴德發恐得引咎辭職。
陳道輝現職為艦隊指揮部參謀長，受黃曙光欣賞，原被視為海軍明日之星，如今防疫出包被撤職，前途蒙塵；後續擴大懲處，連黃曙光應都難逃究責行列。
嚇死！蔡英文接艦原要近距離致意
總統蔡英文去迎接敦睦艦隊，原本她是要在岸邊等官兵上岸後直接打招呼，後來府方幕僚怕疫情造成統帥風險，才改為隔岸揮手。執政高層說：「應該頒發這個人青天白日勳章！」
蔡英文上任後遇到兩次快把國人嚇死的軍事麻煩，一是雄三飛彈誤射事件，以及這次敦睦艦染疫。巧合的是，兩件都有共同爐主。國防部長嚴德發前一次是參謀總長，參謀總長黃曙光當時為海軍司令；另一個倒霉鬼是兩次都得出來擋子彈的梅家樹，當時為海軍司令部參謀長，如今是海軍副司令。
據了解，雄三飛彈誤射後，黃曙光進總統辦公室向蔡英文解釋，懊悔到顫抖地流淚。蔡因此壓下雷霆之怒，後來乾脆自己辦案，把人一個一個叫來問，竟然問出原來掌管這麼重要的飛彈，軍方卻沒有正式操作手冊。
敦睦艦出事後，蔡英文第一時間要軍方「誠實以對」。執政核心系統確實覺得軍方這次「非常奇怪」，老是講不清，「要像羅斯福艦艦長，有就有、沒有就沒有。乾脆一點，一次講完。」（楊舒媚）
