事實上谷正文在保密局得到重用，也是在戴笠1946年3月17日因空難事故身亡以後才開始的。據說毛人鳳是在整理戴笠遺物時，看到其日記中提到「郭同震讀書甚多，才堪大用」的一句話後，做出重用谷正文的決定。谷正文很快就證明了自己的實力，於1947年9月破獲了以保定綏靖總署作戰處長許士炎中將為首的中共地下組織，一連又逮捕了一名中將與17名少將。
然而從謝士炎發展出的這個地下組織規模來看，共軍對國軍的滲透已經深入骨髓，並不是靠谷正文用殘酷的刑求手段所能營救回來的。所以除了持續搜索中共地下黨外，谷正文還承接保密局的暗殺任務，在香港殺害了意圖投共的滇軍將領楊杰，從而使中共對其恨之入骨。但如同克勞斯·巴比一樣，谷正文早就已經在保密局安排下潛逃台灣，迴避了來自中共的制裁。
從抗戰以來就與中共結下樑子的谷正文，當然也知道台灣被赤化意味著自己會有什麼樣的下場，所以替蔣家父子工作起來也格外賣力。隨著台灣的情報組織逐漸由蔣經國所掌握，谷正文的效忠對象也逐漸從原來的毛人鳳轉變為經國先生。包括基隆中學案的主角鍾浩東，還有中國共產黨台灣省工作委員會案的蔡孝乾與張志忠等中共在台領導人，都是經過谷正文之手落網的。
精通心理學的谷正文，除審訊犯人外還專門從事遊說中共在台領袖自新的任務，因為留學蘇聯回國的蔣經國對這些馬克思主義信徒情有獨鍾，希望能規勸他們參加政府為己所用。所以凡是願意投降歸順者，都能夠得到蔣經國的寬大處置。不願意自新者如鍾浩東與張志忠，通通被送到馬場町槍斃，願意自新者如蔡孝乾則允許進入政府服務。
根據谷正文的回憶，絕大多數加入中共或者左傾的台籍青年，都在他的遊說下放棄了對共產主義的信仰，甚至還為了活命不惜出賣同志，其中一位就是後來成為中華民國第一位台灣人總統的李登輝。靠著過去在山東掃蕩8路軍根據地累積下來的經驗，谷正文還在1952年殲滅了中共「台灣人民武裝保衛隊」在台北縣石碇鄉鹿窟村設置的根據地。
到底鹿窟村是不是中共在台灣發動武裝暴動的據點，直到今天都還是史學界爭論的焦點，不過該村內確實有以陳本江為代表的中國共產黨台灣省工作委員會幹部在組織活動，而且還公然懸掛中華人民共和國的五星紅旗，並派遣所謂「紅色小鬼隊」看守各山路隘口。顯見鹿窟村的情況，根本上就是把8路軍在河北或者山東根據地的形式原封不動搬來了台灣。
若不是谷正文率保密局摧毀鹿窟根據地，恐怕台灣就有面臨中共地下組織從內部顛覆解放的風險，所以他對復興基地的戰後穩定發展也稱得上是有所貢獻。只是在打擊中共的過程中，谷正文也把過去日軍針對華北抗日根據地的「三光政策」帶到了台灣，將許多沒有參加共黨活動的村民也一起逮捕。被判處死刑的35人當中，也無法保證都是罪證確鑿的共產黨員，從而產生白色恐怖的問題。
