擔憂美國的態度，2月中，蔣介石改變主意，決定復行總統職權，而不是自任陸海空軍總司令以軍法治理臺灣。3月1日，不顧代總統李宗仁的反對，蔣介石在臺北總統府宣佈復行視事，發表文告，痛罵中共「擅改國號，憯立政權。」3月2日，白宮聲明，美國承認蔣介石是「中國政府首腦」。杜魯門總統無意決定「誰是中國總統這一重要的外交問題」。
已做好孤身作戰準備 韓戰爆發讓台灣意外獲援
4月7日晚，因為柯克將去東京，蔣同他商談對麥克阿瑟應談各事。蔣說「第三國際諜探供詞，先攻臺灣，再逼美軍退出日本之策略，以及最近菲共聲言奪取菲島，與響應中共攻臺之聯合行動，是皆俄共對遠東之整個計畫，情勢嚴重，希望麥帥能回美報告，使其議會與政府對遠東政策能迅速改變，立取行動也。」蔣還讓柯克攜帶他給麥帥的信，敦促麥帥「立即採取行動」。4月下旬，不顧國軍高層的反對，蔣介石決定撤退海南島，放棄舟山群島，「集中全力在臺澎，以確保國家微弱之命根。」，5月13日，蔣自記「軍事計畫第一部，必須集中全力確保臺灣，鞏固此惟一反攻之基地，故必須放棄海南與定海各島，方能加強臺防，以免備多力分，重蹈過去之覆轍。」
1950年4月30日，蔣介石判斷，「今後俄國在東方之行動，彼既以新式空軍與高射武器為共匪塡防中國沿海之全線，勿使我空軍再在大陸自由活動，則其中國沿海岸既經確實掌握，而其第二步必將韓國海岸線全部佔領，使遠東沿海岸皆高枕無憂，如此則亞洲大陸不難整個控制矣。美國無知蒙昧，一至於此，能不痛心？」蔣還認為，是美國國務院，不斷聲言南韓不在其太平洋防線之內，喚起俄國侵韓之野心。他「預料俄國今夏在亞洲之行動，必先將南韓完全佔領，使其在東亞海岸線之第一缺口補塞無隙，然後再西向越南，暹羅，緬甸各國海岸線佔據完成，則其南向印尼，西指印度，乃可左右逢緣，為所欲為。」事後證明，蔣介石當時對史達林和毛澤東的戰略意圖判斷非常準確，而他撤退海南，放棄舟山，力保臺澎的行動，讓毛澤東意識到攻打臺灣很困難，促使毛改變主意，同意金日成在中共佔領臺灣之前先入侵南韓，導致韓戰爆發。
但是，史，毛此一決策完全出乎美國政府的意料。當時，美國駐臺領事館估計解放軍會在7月渡海攻臺，所以已在準備撤僑。5月30日，蔣介石公開告訴記者，中共對臺大舉進攻，雖然可能，但非一定。保衛臺灣的武力，正在穩健增強中。蔣私下認為「美使館乘我放棄舟山之時，其又密令僑民回美，以刺激我人心之不安，其三年以來，一貫亡華之政策至今更劇，以期其最後之一逞，而其用意之惡劣，甚於俄共之滅華也。」，當時，蔣介石認定杜魯門政府一意孤行，要拋棄他和中華民國，實施「防華制我」的「毒謀拙策」。
