法務部研擬《財團法人法》，行政院發言人徐國勇點名蔣經國基金會與中技社，政府獲配董監事席次偏低，讓政府捐助財團法人再度成為焦點，根據主計總處統計，政府捐助財團法人到2016年為止共有165個，其中，政府累積捐助金額低於5成者一共43家，並以經濟部督導財團法人最多，但較具爭議性的，反而是一些年度業務支出偏低，卻擁有大量資產的財團法人，例如寄生蟲防治會、華欣文化事業等等，過去曾經擁有華視2成多股權的黎明文化事業，甚至不在主計總處統計之列。
政府捐助比率低於5成者共43家 運作、財產難掌握
行政院政務委員許璋瑤去年底向總統蔡英文報告政府捐助財團法人狀況，根據主計總處統計，政府捐助成立的財團法人有165個，基金收支約2500億元。這個數字看似驚人，但165家財團法人當中，有122個必須將年度預算送立法院審查，其中絕大多數都是《預算法》中規定，政府捐助比率超過5成的財團法人，但也有部分為財務自主、政府不再編列預算（例如敦睦基金會），或政府與民間發起後，每年依規定必須向業者收取費用的準行政法人，例如金管會的汽車交通事故特別補償基金、住宅地震保險基金、保險安定基金、投資人保護中心、保險事業發展中心等等。
由於政府附屬財團法人，長期以來被外界批評為退休官員酬庸之處，相關單位為此被監察院多次糾正，行政院自2012年開始，也組成「政府捐助之財團法人行政監督專案小組」，每年公布監理報告，但根據國發會2016年公布的監理報告中 ，並不包括政府累計捐助比率低於5成的43家財團法人。
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儘管政府針對其捐助比率逾5成財團法人，可以依據《民法》等相關法律廢止其設立許可，但內政部在2015年以「亞洲土地改革與農村發展中心」不具政策性及公益性為由，對該中心做成解散處分，卻遭到該中心董事至法院抗告，顯示政府捐助財團法人退場困難重重。
根據主計總處報告，政府捐助財團法人存在幾個問題，除了喪失當初設立政策目的，原本功能已不復存在外，部分法人擁有龐大資產卻脫離公益方向，淪為少數人掌控，如同私產，並成為少數機關人士退休後再任之處。
經濟部轄下數量最多 外貿協會、中技社、資策會都遭點名
根據主計總處報告，目前政府捐助比率低於5成的財團法人共43家，由經濟部督導的家數最多，包括規模最大的是外貿協會（年度支出70億元）、中技社；資策會年度支出50億元，其他規模較小的還包括食品工業研究所、車輛研究測試中心、商業發展研究院、精密機械研究發展中心、塑膠工業研究發展中心、紡織產業綜合研究所、台灣創意設計中心、醫藥工業技術中心、鞋類暨運動休閒科技發展中心、大電力試驗研究發展中心與中國驗船中心、中華穀類食品工業技術研究所。
另外，農委會督導財團法人家數也不少，包括中華農學會、蘭陽農業發展基金會、農業機械化研究發展中心等等，據了解，農委會準備將農業機械化研究發展中心，併入農業科技研究院。
內政部下多為警消基金會 董監事名單頻見藍委
內政部部分，主要為警消人員的照顧基金，消防發展基金會是由消防署與聯電集團捐助成立，目前董事長是永豐餘負責人何壽川，該基金目前基金規模9億多元，消防署去年仍編列595萬元捐贈該基金。
義消部分，則有義勇消防人員安全濟助基金會，每年年度支出僅200萬元；至於義警部分，則有台灣省義勇人員安全濟助基金會，有趣的是，由於警消人員動員能力強，相關協會董監事中不乏知名立委，消防發展基金會董事當中就有前立法院長王金平、前立委朱鳳芝與盧嘉辰。
前中鋼通運總經理 出任驗船中心董事長
交通部監督的財團法人，在兩岸推動三通過程，則是政府重要白手套，包括海峽兩岸觀光旅遊協會、海峽兩岸航運協會，另外，政府1951年為了推動船舶驗證，也成立中國驗船中心，董事長趙國樑原本是中鋼子公司「中鋼運通」總經理，為前經濟部長趙耀東之子。
蔣經國基金會遭點名 教育部澄清：董監事皆為無給職
教育部部分，則是以徐國勇點名蔣經國基金會規模最大，目前基金總資產36億元，其中教育部累計捐贈14億餘元；除此之外，國民教育測驗評量中心與吳健雄學術基金會也是教育部督導，前者為教育部與私立學校共同捐助，後者則是中研院與院士張才雄、丁肇中等人捐助。
而據了解，行政院日前點名蔣經國基金會，政府捐助金額遭到基金會稀釋，導致政府對董監事分配席次下降，教育部方面主動澄清，該基金所有董監事都是無給職，執行長朱雲漢僅領取車馬費，「基金會成立迄今，教育部在20席董監席次中，始終都維持1席」。
綠委點名寄生蟲基金會「肥貓」 衛福部：已無掌握內部運作
衛福部督導的寄生蟲防治會，目前1年支出才100多萬，但先前曾被立委段宜康質疑，高齡90多歲的前省政府衛生處長胡惠德和林朝京二人，竟然分別輪流擔任該基金與旗下「中華民國衛生保健基金會」董事長，每月領取13萬元薪水，還有配車、司機。該基金會為1971年由省政府和衛生署等單位捐助35%，國民黨中央財務委員會等7個單位也是共同捐助人。
對於寄生蟲防治會被點名酬庸，衛福部也頗為無奈，官員表示，衛福部目前並未給予該基金會任何補助，由於無法掌握該基金董事會，因此即便寄生蟲防治在國人衛生狀況提升後已不再是主要公衛議題，但衛福部對基金會運作，只能尊重其內部治理。
華欣文化不符合退將業務 政院已要求解散
國防部與退輔會督導財團法人，相較其他部會捐助法人，其人事與財務透明度上又更不透明，其中包括最近被媒體點名的華欣文化事業，董監事除了退役將領外，還有國民黨市議員厲耿桂芳，退輔會方面澄清目前已停止補助，另一個由國防部捐助成立的黎明文化事業，更不在主計總處統計的43個財團法人之列。
主計總處官員表示，1971年成立的華欣文化事業，雖然是退輔會督導財團法人，但先前卻是登記在台北市政府，由台北市政府補助，後來台北市長柯文哲上台後，認為該基金會應由退輔會督導，最近才移給中央，該基金會主要業務為印製業與活動整合行銷，和照顧退伍軍人業務明顯不符，「行政院已要求該基金會解散」。
