鴉片事件
在日據時代，作為台灣知名知識分子，連氏與日本人之關係頗可留心。他供職的多家報紙均系日人所辦，這倒也有情可原，因為日人為殖民計，推廣日語，在北中南創辦多份日文報紙。如果在台灣要做報人，只能托庇其下。
連氏通史出版後，曾請「明石台灣總督閣下」（明石元二郎）、「田台灣總督閣下」（田健治郎）等日本政要題字（後者題「名山絕業」四字）。《台灣日日新報》主筆尾崎秀真、《台南新報》主筆西崎順太郎、總督府總務長下村宏三人，各為該書撰序一篇。林著對此的解釋是，「這完全是委曲求全，在異族統治之下不得已的辦法。」
此外，1930年3月2日，連氏在日本官報《台灣日日新報》撰寫《新阿片政策謳歌論》的文章，引起台灣士人的聯合反對。當時全台士人皆在反對日人之鴉片政策，而連氏文中則說：台灣人之吸食阿片，為勤勞也，非懶散也……我先民之得盡力開墾，前茅後勁，再接再厲，以造成今日之基礎者，非受阿片之效乎？
連氏所參加的詩社「櫟社」亦開除其社籍。台灣名士林獻堂在其3月6日的日記中對連氏極表不滿。從此連氏與台北士子分道揚鑣。林著中說，此文系他人冒連氏之名而寫。蓋因連震東學成歸來，欲入《台灣民報》做記者，引起他人嫉妒和恐慌，為破壞連震東的工作，有人假名撰文云云。此說不為正統學界接受。台灣學者陳明道就曾說，「此文是連雅堂一生之污點。」
由此可見，林著為尊者諱過於急切，以至與學界研究軒輊之處，也未加以訂正。台灣學界如今對連氏之評價，對其親日之態度頗多不滿（見林元輝《以連橫為例析論集體記憶的形成、變遷與意義》）。從日人據台到連氏離台這三十多年內，連氏供職於日人之報紙達十七年，其對日人之態度，並未有如林著所說那樣決絕。
例言之：1899年，第四任台灣總督兒玉源太郎在台南開慶典，《台澎日報》漢文版發起征詩。連氏撰《歡迎兒玉督憲南巡頌德詩》，中有「我公秉節蒞封疆，除殘伐暴登仁壽」之句（葭案：此詩未載於連氏詩集）。嗣後每一任台灣總督到任，連氏都曾撰詩頌之。1923年4月，日本皇儲裕仁到台，連氏獻《台灣故事十題》進之。1930年日本人搞的「台灣文化三百年」紀念會，連氏是十位顧問中唯一的台灣人。這樣的態度，讓其與本土士人愈行愈遠。
此外，在其離台之前，連氏曾數次赴大陸旅遊，交友廣闊，皆是學術官場名流，所以名氣也越來越大，知道他的人也很多。在大陸人面前，連氏則是一個報國無門、胸懷壯志的邊疆烈士。章太炎在看過其詩文及通史之後，就曾誇他「此英雄有懷抱之士也」。他很早就給國民黨元老張繼寫信贈書，張繼頗推許之。
