連氏的通史終於馬關條約。對清廷割地的評價，至今在台灣學界仍有不同聲音。尤其是，此後短暫成立的「台灣民主國」，是一些傾向台獨的學者研究之重點，以此來證明台灣與大陸聯繫是如何脆弱，並建立一種論述體系。不過，當時的「台灣民主國」曾給清廷電報說「台灣士民，義不服倭，願為島國，永戴聖清」，「事平之後，當再請命中國，作何辦理。」所以連橫對於這一段歷史，很有些無法下筆之態。
在《台南新報》工作時，連氏開始學習日文。這恐怕是不得不為之的舉動。蓋因該報系日人投資，又以日文出版。不過此時已經能夠看出他在國難之際的心情。他在《馬江夜泛》中寫道：橫槊蒼涼夜，艱危擊楫秋。他經常以祖逖、稼軒相擬，頗有壯志未酬之心態。他在《鷺江報》寫的《惜別吟詩集序》中說，「欲求國國之平等，先求君民之平等」，已初步反映出其反滿之一面。
不過，至今未有連氏直接參與革命黨活動的記載。林著也是以猜測的口吻，試圖把連氏與革命黨聯繫起來。林著說，「1900年國父到台北，「以一個報人的身份，定必消息靈通。他或許往來南北，與孫中山先生會面也未可知。」作為一部傳記，以「想當然耳「的手法描述這樣一件攸關大局的事件，顯然是不大合適的。
1905年，連氏赴福建創辦《福建日日新聞》，鼓吹排滿革命。按照連震東和林著的說法，同盟會派李竹痴（有的材料作林竹痴）到廈門，商議改該報為同盟會機關報。不過，當時同盟會的刊物已經有《中國日報》與《民報》，一在香港，一在日本，且當時同盟會在廈門尚無分部，以廈門的一張報紙做機關報，可信度不高。此外，連震東稱，後來清廷向日人抗議，此報由是被封。
台灣作家陳柔縉引用連橫朋友林申生的說法稱：該報關門的原因是，「緣該報社之組織不健全，非清吏向日人抗議之結果；日人特聽其自生自滅耳。」另一位和連橫親近的門生張振梁也有不同說法，認為連橫創辦該報的原因「乃其時台局粗定，日人招徠台人故。」
至於林著中說的清廷要暗殺連橫，更是無可考證之事。連橫在報館關閉後回台，仍入《台南新報》。此後一邊寫書，一邊縱情詩酒，成立詩社，酬唱往來等。台灣詩人林馨蘭在《讀詩界革新議及後等書》中評價連氏的詩，「雅堂過於縱。」亦可見其性格為何。
1908年，連氏曾赴神戶一遊。林著稱，「他此度赴日，或者竟是借遊覽之表面行為，實則去參加在日本的革命計畫也未可知，因為神戶乃是當時海外革命志士的一個據點，國父每次到日本，也都在神戶與當地華僑志士聯絡商議的。」在讀林著之時，我一直對作者試圖把連氏和孫中山聯繫起來的描述，抱有甚多疑慮。
