在捷運通車頭五年，因為台北捷運連初期路網都還沒完成，台北市政府以象徵性的「每條一塊錢」，租給市府控制但自己是個獨立法人的捷運公司，所以在陳水扁市長任內，捷運公司就已開始「賺錢」。因為如此，再加上考量未來系統總會老化，於是市議會在當時國民新三黨共識下，要求捷運公司不但得要自己提撥一個「重置基金」，還得從二期路網開始，負擔其中屬於自償的九百多億工程經費。
理論上，當捷運公司開始每年撥款進「台北市台北都會區捷運固定資產重置基金」後，系統重置的經費不該是個問題（對照組是曾經風光，卻沒有即早準備重置工作的台鐵）。但一來因為標案規劃的，導致高運量的更新需求可能得要提前（而2001才開始計畫重置周期，也與市府內部對核心機電的年限規定不一致），二來是2030年以前，重置基金如同我國各級政府其他非營業特種基金一樣，被主事者當成「小金庫」濫用。
許多市民應該記得在馬英九第二任市長任期時，有天晚上捷運木柵線的高架橋上突然出現許多俗豔的燈光，這些美其名是公共藝術的裝飾物，正是重置基金出的錢。對於台北市政府來說，捷運公司有必要保持帳面盈餘，但重置基金反正錢那麼多（因為到2030年時「至少」得湊到864億），就算挪一些出來代替捷運局或捷運公司該自己花錢做的非核心機電工程上，也不容易被發現。
但依照重置基金預算書，今年底重置基金裡該有281億元，也就是從基金累積開始，平均每年累積了20億元。然而在郝龍斌市長第一次編預算時，重置基金每年累積的金額還有23億元，而原本重置基金開始繳納時所期待的，卻是平均一年要累積29億元。
也就是說，雖然重置基金每年的收入好像很大，而除了柵湖線工程時期外，支出則相對很小（今年只花2310萬在「捷運設備重置計畫」），但基金累積的速度不但沒有因路線的延長與搭乘人數的增加而成長，反而是逐年放緩。這除了顯示想靠捷運自己的收入來進行核心機電設備的更新，從目前的規劃來看不切實際外，也突顯了台北捷運的組織不良和規劃危機。
誠然，台北捷運正如同我國大多數的公共工程，在台灣所面臨的中等收入國家困局裡，相對先進國家的建設水準仍亟待投資，政府卻已經很難再擠出財源，以致於總得要逼著技術人員們編排許多自己都不相信的衍生性收益，來拉高自償率，以方便在行政院審議時能被核定（而此種核定作業的科學性，則從來都是個謎）。不過一面把手頭上有的資源胡亂投入，另一面卻又為了畫自償率大餅（與政治影響力）而忘了大眾運輸的本質，就是嚴重的管理不當了。
