所以再怎樣花錢包裝，管理階層的專業純度與操守如此，1998年馬英九上任後的台北捷運管理成效，根本經不起細部檢視。2002年6月，中國時報大膽揭發當時台北捷運三百二十一輛高運量電聯車的採購被政商勢力介入，僅管相關訊息因為進入門檻高而稱不上引起社會普遍關注，至少被報導所指涉的重量級藍營議員及其所代表的投標廠商，未能得手。不過與電聯車超級採購同時辦理中的內湖線招標，七年後就因柵湖線通車時發生的各種波折，街知巷聞。
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2002年為辦理內湖線招標案，捷運局曾邀請國際各主要捷運系統廠商參與說明會，當時參加並說明的廠商提供給捷運局的意見相當一致：收購木柵線系統商馬特拉的西門子，很自然地建議直接把木柵線延長；生產木柵線車箱的亞斯通，建議可以換亞斯通的新系統，但沒評論可否營運中更換；兩家日商新潟鐵工所與三菱重工則明白表示，捷運局希望的「一車到底、營運中換系統」，技術上不可行.
「一車到底、營運中換系統」，是內湖線的老爭議。自從捷運棕線由慶城街改成直行復興北路後，便打算讓木柵線穿越松山機場後經大直到內湖，是為內湖線。僅管木柵線後來的營運成效頗受業內肯定，而馬特拉也早已變成西門子的一部分，但當年木柵線的爭議與在內湖狹小道路上蓋高架橋是否妥當，還是讓木柵線要不要依原案走到內湖，成為燙手山芋，決策時間也被推遲到2001年。
由於決策時間的推遲，便有了是不是要連木柵線一起，整條棕線都更新系統的討論。對於與馬特拉長期訴訟，亦未與收購馬特拉的西門子立約的台北市府來說，選擇西門子當然就連木柵線的問題都能解套，何況木柵線的VAL系統也不算老舊（西門子也並不建議換成更新更貴的Neoval系統），但西門子的報價自然較高；另一個可能則是選擇日本廠商，在中山國中站加蓋新一層高架車站，用日本系統通往內湖，木柵線維持不變，棕線也就成為頭尾相連的兩條路線。
工程上還有第三種可能，就是讓木柵線暫時中斷，以利系統轉換，但當時的馬市府公關至上，「不便民」的中斷選項最早被排除。馬市府要求一定得「一車到底、營運中換系統」，讓各國際機電大廠對於投標內湖線興趣缺缺，捷運局不得不把一部分的土建與機電綁在一起成為CB410標。相當奇怪的是這個標到2003年4月時，國內工信及達欣兩家營造廠選擇合作的國外機電廠商，全都是前一年的說明會中選擇「出席不簡報」的龐巴迪。
參與說明會的不同廠商，全都表示捷運局開出的「一車到底、營運中換系統」不可行，而沒參與說明會的機電廠卻被國內營造廠找來當機電供應商，開標當時就引起市政圈及業界譁然。面對質疑，台北市府宣稱龐巴迪不但是世界第一大軌道設備供應商，也曾有過「營運中換系統」的實績。但所謂的實績，指的似乎是機場航廈間的旅客自動運輸系統，與所謂中運量捷運雖同屬「自動導軌捷運」，處理的資料量卻是天壤之別。
