儘管與周邊國家比較，新冠肺炎疫情在台灣控制相對得宜，但隨著感染源調查未明個案出現，家庭感染有衍生社區感染之虞，大型活動是否全面停辦等，中央防疫指揮中心何時提升為「一級開設」，成為各界關切焦點。
根據應變計畫，出現確診病例就可一級開設
前衛生署長葉金川却一言中的：「陣前換將是大忌」，如果一級開設是由行政院長蘇貞昌主持，他寧可選擇陳時中；前衛生署長楊志良則直言，一級開設遲早的事，但這是「政治問題」，理當由行政院長指派指揮官，「但陳其邁（行政院副院長）似乎與地方首長有些摩擦」，楊志良直接建議由副總統當選人，同樣具有醫界背背景的賴清德出任一級指揮官。
兩位前署長意見不盡相同，但不論直接或含蓄，他們都表達了雅不欲蘇貞昌出任一級指揮官的意思，看在最新民調聲望還比蔡英文總統高一個百分點的蘇貞昌眼內，肯定點滴在心，不過，蘇貞昌不要太難過，葉、楊之見代表「防疫靠專業不要靠政治」的民情民意。
根據「因應嚴重特殊傳染性肺炎疫情整備應變計畫」，防疫指揮體系視疫情分四級開設，中國大陸武漢地區出現疫情成立應變小組，這是第四級；武漢疫情有明顯社區傳播並擴大情形，由衛福部疾管署長出任指揮官，這是第三級；武漢地區疫情擴散到其他地區，由衛福部長陳時中出任指揮官，這是第二級；「我國出現確診病例」，則「由行政院長指派指揮官」，台灣在元月下旬成立應變小組之後，三天之內連升三級，從四級直升到二級開設，就是因為出現第一個境外移入的確診病例。
照應變計畫，早在一個月前就可以一級開設，蘇貞昌不自兼，指派也有醫界背景的副院長陳其邁為指揮官，跨部會統合防疫決策，可謂順理成章，蘇貞昌沒吭氣，陳其邁彷彿消音，隔了一個月，終於有人提到陳其邁，說得却是他與地方首長「有些摩擦」？大選早就結束，陳其邁還能有什麼摩擦？說穿了，不過是高雄市長罷免行動未因防疫降溫，還頗有箭在弦上之勢，志在高雄市長的陳其邁兼指揮官有利有弊，兼得好聲望大振，但難保黨內有意競爭之士不平；兼不好豈不提前斷送他補選市長之路？楊志良看得透徹，防疫指揮中心一級開設，確實是「政治問題」，而且是民進黨內的政治問題。
楊志良推薦賴清德出任一級指揮官是異想天開
但楊志良推薦賴清德出任指揮官，就純屬異想天開。
第一，賴清德與蘇貞昌是後輩與前輩，於院長職位却是前後任，不要蘇貞昌却要賴清德，是要氣死誰？
第二，賴清德固有醫界背景，當選副總統，但終究未就任，一屆布衣有醫界背景者的「大老」，在賴清德前面排隊都數不完。
第三，真要有醫界和（準）副總統資歷者，以示重視，現任副總統陳建仁豈不更適合？五二０前陳建仁，五二０後賴清德，但這屬「創例」，會不會從此成為防疫或防災的「建制」，不能不考慮。
第四，就體制而言，不論陳建仁或賴清德醫療都不宜，副總統承總統之命辦事，任何「任務」，只能總統指派，豈能由行政院長指派？
第五，除非蔡政府要把防疫中心再拉高到國安層級設在設在總統府，成為「超一級開設」，那麼國安會議與指揮中心與不成了平級？別忘了，從三級提升到二級開設，就是蔡英文總統主持國安會議後拍板定案交付任務。
第六，也是最重要的，才三讀通過的防疫紓困條例明定執行該條例的是「中央衛生主管機關」，條例施行三個月和六個月後，必須到立法院提出報告和預算執行報告的也是行政院，而非總統府，不論是賴清德或陳建仁，都沒有這個身份與權責赴立法院提出報告。
持平而論，防疫中心雖未提升到一級開設，陳時中早已做到了一級指揮官的任務，比方說，口罩政策一變再變，至少口罩徵收與產能非衛福部能獨斷，那得「調度」經濟部；包機政策在爭議聲中開出了兩班，一班接滯留武漢台灣人，一班接隔離在公主號郵輪的台人，還個別接回了血友病母子，更非衛福部能控制，得協調海陸兩會、外交部和交通部。
媽祖遶境停辦否？該考慮「大型活動」之通案而非換指揮官
陳時中適任指揮官之處在於，上述問題都可能釀成政治爭議，甚至風暴，但落在他手裡，雖未化政治爭議於無形，却把「政治性」降到最低，台北市長柯文哲隔空和他「鬥嘴鼓」都討不到便宜，儘管確診病例要不要公開，鬥嘴二十四小時之後，「疾管家」網頁就公布了地圖；血友病童順利在藥品用罄前返台，但陸委會主委陳明通口中的「小明們」依舊滯留大陸，甚至影音向蔡英文求救，但「政治凌駕人道」的批評，從來落不到陳時中頭上；原因很簡單，指揮中心所有出枱政策，都以「防疫、自保、醫療能量」為優先，即使他有鮮明的政治立場，但政黨之見、兩岸關係、沒有一個字從陳時中口中吐出來過，遑論意識形態，換做是拿電人當魄力的蘇貞昌，或者在政治上別有想頭的陳其邁，大概都不容易如此四兩撥千斤。
如今為了媽祖遶境停辦與否，做為是否提升指揮中心為一級開設，是個理由，却不必然成為理由，任何重大政策陳時中也不可能獨斷，口罩如此、包機如此，媽祖遶境當然也是，思考這個決策的核心，不在是否升級並另派指揮官，而在一旦強制停辦，就必須是「通案」，全台宮廟奉行，而非以鎮瀾宮為特例；此外，還要考量的是多少人次參與的「活動」叫「大型活動」，或者什麼型態（限定戶內或戶外）的「大型活動」必須停辦？而不僅限於「宗教活動」
蔡英文宣布暫停籌辦就職活動，是一個立場，但總統表態不代表政府強制性的政策，一旦強制禁止，還要考量影響國人與國際對台灣疫情嚴重程度的想像，比方北京在疫情最緊張的時候甚至通令餐廳必須取消「聚餐」─三人以上就為「聚」；三十一例確診的台灣，要不要這麼快就到達影響社會活動正常運轉的地步？思考的當不只是陳時中而已。
回到防疫指揮中心要不要一級開設？形勢或許難免，蘇貞昌還有時間考慮要不要另派指揮官，思考可以更靈活點，根據應變計畫，一級開設由行政院長指派指揮官，却沒硬性規定該派什麼層級以上的指揮官，誰說一級開設，蘇貞昌不能指派衛福部長為指揮官呢？再派給他一位部長級副指揮官（比方內政部），誰曰不可？不論怎麼派，陳時中還是得聽命於總統、院長，防疫功過不能獨享獨擔。
