埃布萊特說：「存在於自然界的蝙蝠冠狀病毒在中國多個地方都有，包括湖北省。因此，首個人感染病例有可能是自然發生的。」
最早提出2019新型冠狀病毒可能來自於蝙蝠的研究機構之一恰恰是正處於爭議中心的中科院武漢病毒研究所。著名學術期刊《自然》雜誌2月3日刊登了該所和武漢金銀潭醫院以及湖北省疾控中心等機構的論文，指新型冠狀病毒的自然宿主是蝙蝠，病毒可以利用SARS冠狀病毒的受體ACE2 （血管緊張素轉換酶2）入侵人體細胞。論文的第一作者是武漢病毒所研究員石正麗。
財新網2月3日一篇關於病毒起源的報導說，石正麗的科研團隊1月23日在bioRxiv預印版平台上發表文章，題目是「一種新型冠狀病毒的發現及其可能的蝙蝠起源」。文章說，新型冠狀病毒與雲南菊頭蝠身上的RaTG13冠狀病毒一致性高達96%。石正麗團隊在疫情早期從5名患者身上獲得病毒的全長基因組序列，發現SARS-CoV-2與SARS冠狀病毒（SARS-CoV）的基因序列一致性達79.5%，與一種蝙蝠中的冠狀病毒一致性達96%。
杜克大學全球衛生學院（Duke University Global Health Institute）傳染病學教授格雷格・格雷醫生（Gregory Gray, MD）對美國之音表示，蝙蝠是如何把病毒傳染給人的，這是值得研究的方向。
他說：「有可能是直接傳染，病毒可以通過多種途徑直接由蝙蝠傳給人，比如直接接觸、蝙蝠糞便、通過食物等。更普遍的傳染途徑是通過一種家畜。我們過去有很多這樣的人類傳染病暴發的案例，比如SARS（嚴重急性呼吸綜合症，「非典」）和MERS（中東呼吸綜合症）。」在SARS和MERS這兩種嚴重呼吸道傳染病的案例中，病毒的中間宿主分別被認為是果子狸和駱駝。
新華社2月11日曾報導說，嶺南現代農業科學與技術廣東省實驗室與華南農業大學合作的團隊通過分析1000多份宏基因組數據得出結論，穿山甲是新型冠狀病毒的潛在中間宿主。但參與研究的人員表示，研究的穿山甲是從「某些特定機構獲取的，不代表自然界中絕大多數的穿山甲攜帶冠狀病毒。」
在另一方面，學術界目前基本排除了新型冠狀病毒是來自於人工合成的說法。斯克里普研究所免疫學和微生物學副教授Mansun Law通過電子郵件給美國之音提供的一份非正式中文說明，標題是「SARS-CoV-2的近源研究」（The Proximal Origin of SARS-CoV -2）。這份說明是根據世界頂尖流行病學家哥倫比亞大學（Columbia University）的伊恩・利普金（W. Ian Liplin）、雪梨大學的愛德華・霍姆斯（Edward Holmes）和斯克利普研究所的克里斯蒂安・安德森等人對SARS-CoV-2基因組中兩個疑似人為乾預的特徵進行功能性和結構性的比較分析所得的結論。
聲明說，「這些分析提供了大量的證據推論出SARS-CoV-2不會是實驗室工程製造而洩露的病毒，而應該是病毒自然進化的產物。」
處於爭議焦點的武漢病毒研究所2月19日給全所職工和研究生致信，稱近期一系列針對該所的謠言「引發了各界的持續關注，對堅守科研一線的我所科研人員造成極大的傷害，也嚴重干擾了我所承擔的戰『疫』應急科研攻關任任務。」
