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2016年9月7日，中國當局發佈的《宗教事務條例修訂草案》，強調該法為國家安全「遏制滲透、抵禦極端」，但藏族佛教徒、維吾爾穆斯林與不獲官方認可的教堂方面，都可能因為該法受到影響。法輪功學員也繼續受到迫害、包括任意羈押、審判不公、酷刑虐待。
位於四川省甘孜藏族自治州色達縣的五明佛學院（Larung Gar）是世界上最大的藏傳佛學院。中國地方政府下令，為「整頓清理」，將該佛學院的逾萬僧眾減少至5千人。2016年7月，政府開始拆除喇榮五明佛學院的大部分建築，數千僧侶與信徒面臨強制迫遷。新疆伊斯蘭教協會副會長阿布都熱克甫‧土木尼亞孜（Abudulrekep Tumniyaz）則表示，新疆境內所有地下講經點已被全數取締。
死刑
中國政府在2016年9月發佈的白皮書中宣稱，中國當局「慎用死刑」，確保死刑只適用於極少數罪行極其嚴重的犯罪分子」。但死刑相關數據被列為「國家機密」，外界難以確知死刑判決與執行的數量。河北省高級人民法院在2016年推翻了「聶樹斌強姦殺人案」的死刑判決，認為下級法院認定此案時並無確實證據。但聶樹斌已在1995年被執行死刑完畢。
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少數民族
國際特赦組織表示，藏人目前仍然遭到歧視，而進行個人抗議的形式在藏區日趨普遍。過去一年，藏區至少有3人在抗議鎮壓政策時自焚，2009年2月以來的自焚事件已增至146起。2016年1月，（Tashi Wangchuk）因倡導藏語教育並接受 《紐約時報》的採訪，被以涉嫌「煽動分裂國家」羈押和起訴，目前他仍在羈押中。
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藏族博客作者周洛（Druklo）因在網上發表有關宗教自由、達賴喇嘛及其他西藏問題的帖子與收藏禁書《天葬》，2016年2月被以「煽動分裂國家罪」判處3年徒刑。2015年進行個人抗議而被警察拘押的藏族僧侶洛桑札巴（Lobsang Drakpa），2016年8月在一場非公開審判中被判處3年徒刑。
新疆維吾爾自治區內的多個地區，去年要求所有居民將護照上交警察。此後，所有新疆居民需要於出境前提供DNA樣本及身體掃描圖像等「生物識別信息」中國政府繼續羈押維吾爾族作家及維吾爾語網站編輯。漢族維權人士張海濤，被以「煽動顛覆國家政權罪」及「為境外提供情報罪」判處19年徒刑。張海濤的辯護律師認為，他對民族問題的評論可能是重判原因。
