民進黨的陳水扁也在許多人的期待下，於2000年贏得總統選舉，壓迫人權的政黨下野。然而卻要等到2007年三月，民進黨執政七年之後，內政部警政署才奉令召集鑑識及偵察人員，以最新的鑑識技術重新檢驗相關跡證。可是仍然沒有針對江鵬堅、李伸一兩位監察委員十年前提出的可疑方向加以偵察：情治人員涉案的可能性。調查結果除了發現一枚無法辨別身份的指紋之外，乏善可陳。民進黨政府沒有將調查指向情治人員，難以理解。
國民黨的馬英九於2008年當選總統。他於2009年三月對記者表示，不反對本案繼續調查。法務部長王清峰立即邀集最高法院檢察署、高等法院檢察署商討重新啟動調查。高等法院檢察署顏大和檢察長，隨即針對林宅血案和陳文成教授命案，成立「重啟調查專案小組」。專案小組由顏大和擔任召集人，成員包括台北地方法院檢察署檢察長林玲玉、法務部調查局局長吳瑛、法務部法醫研究所所長李俊億、警政署刑事警察局局長黃茂德、臺北市警察局局長洪勝堃。林宅血案的偵查，由高等法院檢察署游明仁檢察官負責指揮。
「重啟調查專案小組」的組織架構和位階，不只高於血案發生當時的調查小組，也高於民進黨政府的調查行動。而且，更重要的，調查小組終於（在29年後！）認真看待情治人員涉案的可能性。即使如此，調查的過程和結果都令人失望。調查比較是對社會的敷衍，而非對歷史的交代。
「重啟調查專案小組」第一項調查重點即為：「針對外界質疑林義雄當年為美麗島事件要犯，其住處及電話均為情治單位所監控，兇手何以能從容進出林宅行兇乙節。」林宅是否遭受情治人員監控，是釐清案情方向最重要的關鍵。事隔將近三十年後，指認兇手確實身份的機會非常渺茫。然而，即使兇手的身份無法辨別，如果林宅當時遭受情治人員的監控，則兇手的背景、下令的機構就很清楚了。
對這項關鍵的線索，專案小組只試圖從檔案中發現監控的證據，沒有訪談當時情治單位負責、及從事監控的人員。而專案小組搜尋檔案的結果，「並未發現前警備總部有關林義雄先生之監聽或監控資料。」然而真的沒有檔案資料嗎？
專案小組然後做了一個違反專業的判斷：「命案發生當時，林義雄先生已被羈押達兩個多月，其家屬均為婦孺，則是否仍有其住宅實施全天候監控之必要，專案小組仍持存疑態度。」專業上，司法檢調人員僅能說：證據沒有顯示情治人員有監控的行為。專案小組不應對這項案情關鍵做主觀的臆測。事實上，和專案小組的主觀臆測相反，檔案顯示：情治單位對家屬確實加以嚴密監控。違反專業的判斷，顯示專案小組似乎存有既定的立場。它同時也顯示：民主時代的檢察官對白色恐怖時期情治單位作風的無知。這項無知更加顯示轉型正義工程的必要性。
