為了安撫民心，北洋政府祭出多項懷柔補償措施，包括政府為四世甘珠爾瓦．呼圖克圖舉喪致哀，另將多倫諾爾鎮守使王懷慶降調閒職，並將高青山免職永不錄用，還勒令他在臂上佩戴黑紗，為甘珠活佛穿孝，同時撥發三萬銀圓，作為昭蘇乃木城寺院修復的費用。最後，為了安撫活佛的弟子信眾，北洋政府史無前例地在當事
人往生後補鑄頒發新官印，讓甘珠爾瓦．呼圖克圖世系的法統傳承不墜，以避免如那音巧爾吉活佛世系的滅佛事件重演。
袁世凱政府的懷柔措施看似誠意十足，但實際結果又是如何？
首先，被降調閒職的多倫諾爾鎮守使王懷慶，在隔年9月15日即調升更好的位置——冀南鎮守使，明降暗升，似懲實褒。接著，牛兒年之亂的結果，是國民政府給多倫諾爾彙宗寺的補助金，由每年12,122銀圓減為6,400銀圓。
最暗藏心機的，則是1914年6月，由政事堂印鑄局負責的「圓通善慧．甘珠爾瓦．墨爾根．呼圖克圖印」新造完成，但在官銜印文正中間，卻如利刃般插入了六個九疊篆字體「民國三年補鑄」；對應1949年章嘉活佛來台後補發的法印，印面印座完全沒有「補鑄」等字樣，更突顯這六個字的羞辱、示警意味，暗示北洋政府仍然介懷，也警告蒙古人民莫再造次。
然而，對更多蒙古人來說，這黥面般的印記，毋寧像似遨翔天際的海東青，也像一道刻在蒙古人心尖上的狼痕，是紀念四世甘珠佛爺庇護草原人民的聖蹟，也映照出活佛願與民族同悲、與眾生共苦的大願。縱使佛爺不在了，只要法統猶存、法印猶在，信仰和希望就不會消失。也就是在這樣的殷盼下，五世甘珠佛爺接續法統，撫慰了信眾，也讓傷痕漸漸弭平。
1914年6月，甘珠爾瓦活佛遇害後一年，其轉世靈童出生，並在1916年經認證後，在青海安多藏區的色爾呼大寺舉行坐床大典，成為五世甘珠爾瓦活佛。
1924年2月，年當十歲的五世甘珠離開色爾呼寺，要到他先世們經常駐錫的內蒙古五當召學經。途經包頭暫住時，一位從五當召來歡迎他們的喇嘛給了建議，佛爺於是決定先赴北京，把官方聯繫打點周延之後，再到五當召靜心學經。
到達北京後，由貢桑諾爾布親王陪同去拜會了曹錕大總統，也因為貢王爺的建議，曹大總統將「甘珠爾瓦．諾們汗．呼圖克圖」的法號正式頒贈給五世甘珠活佛。
1929年，佛爺十六歲，依循舊例接管了前世活佛的一切經書典籍，以及所屬的兩百多座寺院；二十歲又正式主持寺務和有關的行政。在這以前，一切都是由寺廟僧職以他的名義執行的。
1945年二戰末期，當蘇蒙聯軍以對日本宣戰為名，兵臨內蒙古多倫諾爾附近時，甘珠佛爺因懼怕蘇蒙聯軍施行共產主義無神論、消滅喇嘛的行為，於是率弟子們離開了多倫諾爾彙宗寺。
