另外，川普的禁令也暫停接收各國難民，還特別點名不收敘利亞難民，他辯稱禁令「與歐巴馬在2011年暫停伊拉克難民入境美國6個月的命令相似」，而歐巴馬當年暫停接收伊拉克難民，主因是發現肯塔基州第3大城波林格陵（Bowling Green）有2名伊拉克難民資助伊拉克當地激進組織，援助他們對抗駐伊拉克美軍，而歐巴馬暫停接收伊拉克難民，以全面檢視難民身分背景。
由於川普在競選期間曾說要「禁止穆斯林入境美國」，而禁令中的7國又是以伊斯蘭信仰為主，因此被認為具有宗教歧視，但川普在聲明中堅稱：「這不是穆斯林禁令，媒體都錯誤報導，這無關宗教信仰，而是關於恐怖分子和保護國家安全。」他還說，全球有40多個國家以伊斯蘭信仰為主，除了禁令中的7國外，其他穆斯林國家並沒有受到影響，強調並非刻意針對穆斯林。
Yes, Trump Executive Order against Muslims is (Sort of) Similar to Obama’s 2011 Iraqi Refugee Ban But. . .https://t.co/z0HbJUBSKN pic.twitter.com/3cxD1aWW1b
— wake up (@corruptplanet) 2017年2月1日
沒有宗教歧視？川普承諾優先處理基督徒難民申請
不過川普在簽署禁令的當天接受福音電視台「視博恩」（Christian Broadcasting Network，CBN）訪問時，表示一旦重啟難民接收計畫，會優先處理基督徒的申請，同時批評歐巴馬時期只接納穆斯林難民，但此說法完全錯誤，因為獨立民調機構「皮尤研究中心」（Pew Research Center）的統計指出，美國2016年接納的難民中，37521人是基督徒，而穆斯林則是38901人，兩者相差不到2000人。
美國杜克大學伊斯蘭研究中心（DISC）主任薩菲（Omid Safi）直言：「禁令有針對宗教信仰的意思嗎？無庸置疑，我看不出這之間有何區別。」美國基督教世界救濟會（Church World Service，CWS）移民和難民事務負責人史麥爾斯（Jen Smyers）更稱，川普簽署禁令的那天是「可恥的一天」，強調「必須站出來對抗分化基督徒和穆斯林的任何行為」。
Yes, this is a #MuslimBan. See @rezaaslan's succinct evidence on @CNN: https://t.co/j2ynrXC7WZ#NoBanNoWall #nomuslimban @realDonaldTrump
— omid safi (@ostadjaan) 2017年1月30日
逾3500宗教領袖支持接納難民 上訴法院將對禁令做出裁決
美國天主教主教團（United States Conference of Catholic Bishops）移民委員會主席瓦斯奎茲（Joe S. Vásquez）也表示：「我們深信要幫助所有人，不論他們的信仰為何。」目前共有超過3500名宗教領袖聯署，表態支持接收及安置難民的計畫，薩菲強調：「我們徹底反對任何政策針對宗教信仰來限制人民尋求保護的管道。」
"There is hope, beauty, and power in solidarity. American Muslims & Jews protesting the #MuslimBan." - Omid Safi #NoBanNoWall pic.twitter.com/uNJsczfRtb
— Christina Tasca (@Christina_Tasca) 2017年1月31日
川普的穆斯林禁令目前已進入司法攻防戰階段，華盛頓及明尼蘇達2州檢察長提出反禁令訴訟，聯邦法官羅巴茨（James Robarts）3日指示暫停執行禁令，司法部4日晚間趕緊提出緊急上訴，但上訴法院5日凌晨火速駁回，不過要求訴訟雙方在美東時間6日補足文件，並在美東時間7日下午6時（台灣時間8日上午5時）做出裁決。
