儘管如此，建造使用FNPPs也引發一些問題或擔憂。由於浮動核電廠不只是熱與動能之來源，而是基複雜的設施，牽涉許多必須小心謹慎處理的問題，例如，核燃料之運送、核廢料與乏燃料棒之存放和管理、運作規定、建造定錨基地與挖掘工程對海洋環境可能造成的負面影響、侵蝕和沉積物增加、可能意外輻射外漏、熱度過高、船舶碰撞、失去浮動力、淹水、地理偏遠、無法由廠址外取得備用電力、以及恐怖分子或海盜之可能攻擊等。FNPPs 必須對抗惡劣海況和暴風。這些情況對核電船舶與平台帶來極大壓力，而單一的機械故障就可能帶來大災難後果。倘若反應爐之核輻射洩漏至海裡，其影響深遠，且幾乎不太可能去控制。雖然海流可提供有用的冷卻水，但也將洩漏的輻射帶至更遠的地方。海上輻射洩漏將造成環境災難，而稀釋又非解決之道。核電廠所造成的熱能污染是另外一個潛在危險。如果有大量熱水由電廠流入海裡，的確可能增加附近海水的溫度。即使只增加幾度的水溫，此對海中生物就可能造成致命的傷害，同時改變海水化學成分結構。
由法律觀點而言，基於船舶上核電設施之運作性質、應處理之燃料與廢料種類、可能發生的意外或攻擊事件，FNPPs之建造、運送、以及營運也引發一系列新的問題。就目前而言，有關建造與運送FNPPs之法規是欠缺的，此有可能導致核電管理者在日後必須介入時制訂更嚴格規定的風險。如果FNPPs之運送、核燃料運至FNPPs、以及由FNPPs運回核廢料過程中必須經過重疊或有爭議之海域，或者FNPPs是部署在領土主權有爭議之島或礁上時，例如南海，此將衍生更多的國際法律問題。
俄國建造「羅蒙諾索夫院士號」FNPP，並遠程拖至北極沿岸港市佩偉克運營將衍生核子安全法與國際海洋法等相關問題。就目前而言，針對FNPPs 此科技之出口、運送、以及營運相關的國際法規範仍有所不足。當前核子不擴散法律建制 (nuclear non-proliferation legal regime) 與 IAEA 安全保護措施 (safeguards) 人並不完備，不足以因應規範此新核科技之發展。
｢羅蒙諾索夫院士號」是在北極圈內俄國所主張北方航道之領海海域被拖至佩偉克港市。俄國之核動力破冰船已常在北方航道航行，且俄國已制定完善之管理制度和措施。佩偉克之俄國之領土，位於達楚科奇自治區。因此，｢羅蒙諾索夫院士號」之運送符合國際法規定。此外，｢羅蒙諾索夫院士號」之營運將依據俄國之內國法規與適用之國際法。雖然俄國已批准《1963年維也納核損害民事責任公約》 (the 1963 Vienna Convention on Civil Liability for Nuclear Damage)，但尚未建立履約執行機制。因此，有俄國學者建議，俄國應制定聯邦法去執行《維也納核損害民事責任公約》之相關規定。俄國之國內法規也欠缺有關損害賠償責任財政擔保方式 (formats of the liability financial support)、核裝置營運人之責任制度 (liability limits for the nuclear installation operators)、以及涉及核事故州的損害賠償責任 (the state involved in nuclear damage compensation)。
