國民黨強烈反對《反滲透法》，認為草案對「境外敵對勢力」的定義模糊，且該法涉及國家安全及人民權益，在未通過委員會審查以及朝野充分討論的情況下通過，有很大問題。
南樂認為，國民黨的批評是有道理的，該法案有些部分模糊不清，定義必須更加清楚。但是他強調：「國民黨真正恐慌的是該法可能會對他們的未來造成傷害。」不過，柳金財在媒體撰文稱，在欠缺政黨共識、社會認同的前提下，「反滲透法」恐因政黨對立、統獨爭論及國家認同分歧，進而裂解社會凝聚、分化族群和諧及加劇政黨衝突。
不過，民進黨立委王定宇解釋，《反滲透法》針對對象有明確定義，只有在接受境外敵對勢力請托進行「捐錢、競選、公投、游說與擾亂集會遊行」等五種行為時，才有可能觸法。
台灣立法院長蘇嘉全12月27日召集朝野協商，民進黨表示，會調整部分用詞的定義。民進黨團幹事長管碧玲對媒體表示，《反滲透法》總共只有12條條文、926個字，「只要三分鐘就能讀完」，規範的內容與前提條件很嚴格。
鴻海集團創辦人、曾參加國民黨總統候選人初選的郭台銘12月24日也在電視節目上公開抨擊，稱《反滲透法》比兩岸服貿協議嚴重10倍、20倍，並說若民進黨執意在月底通過，他將帶團到立法院集結，比照「太陽花學運」方式抗議。
但是兩天後，郭台銘在12月26日向媒體強調，他並不反對《反滲透法》，主要是希望立法過程要公開、透明。他認為，民間現在的聲音是討厭共產黨，但法案的問題是「不符合民主國家立法基本原則，定義不明確」。
台灣前總統馬英九也表示，反滲透法內容訂得很不清楚，到目前為止都沒有主管機關，將來執行一定會造成許多冤案、假案，會成為打擊政治異己的工具，台灣可能回到戒嚴時期。
《反滲透法》不僅招致台灣國民黨、親民黨等在野黨反對，中國政府也批評蔡英文推動該法是大開民主倒車。12月25日，中國國台辦新聞發言人朱鳳蓮在記者會上，批評蔡政府以修法手段作政治操弄，一旦通過，所有批評民進黨的聲音都會被扣上帽子還可能會被捕。
對此，台灣陸委會表示，中共方面胡亂瞎扯《反滲透法》是綠色恐怖等說法，完全是子虛烏有、顛倒黑白，做賊的喊捉賊，意圖分化離間，純屬惡意扭曲，不良居心已昭然若揭。
《反滲透法》反什麼
《反滲透法》旨在防範境外敵對勢力滲透、干預台灣民主政治運作，包括介入公民投票、總統大選、對政府機構游說等，以確保國家安全，維護國家主權及自由民主憲政秩序。
