美國、日本、荷蘭等WTO會員國要求我國重新開放牛肉或相關食品的進口，主要是依據這部協定，同時並應檢附無食用之虞的科學證據，來找我們談判；無論我們同不同意，都有一定的程序要走。我們若不願意開放也行，理應依協定拿出相關的科學證據，來嚴辭力抗。同樣的道理，換成我們要求對方重新開放台灣豬雞肉的進口時，亦同；這是法治國家的遊戲規則。
WTO是促進無歧視、自由貿易的國際組織，故對人體健康沒有疑慮的食品進口，基本上不該有任何的限制。但對有疑慮的食品，進口國政府當然可以採取進口管制措施；至於食品有無健康的疑慮，則要有醫學上的根據。一般說來，進口國不應要求醫學上絕對的純淨無瑕，只要相對的沒有健康風險即可；因為一來天然長成的食物，本來就沒有純淨無瑕這回事，二來若以純淨無瑕為標準的話，很容易會變成進口國限制自由貿易的藉口，讓貿易無法進行。
例如：鮮蚵可能含違害健康的重金屬、蔬菜可能含有農藥殘留、小牛肉可能含BSE病毒等等，對這些有疑慮的食品，會員國應一一做食品科學上的風險評估，設定一個合理的容許值，容許值以下的食品就應容許自由貿易。事實上，國際間經過數十年風險評估的知識累積，以及隨著醫學的進步，目前對各類食品、食材已有成千上萬的「國際標準」。當然進口國在有科學依據的情況下，有權採用較國際標準更嚴格的容許值；無論如何，基本上凡符合國際標準或進口國標準的食品，進口國就不應該採取進口管制措施。
各類進口管制措施中，「禁止進口」(Import ban)是最嚴厲的措施，例如：我們禁止歐盟會員國的牛肉進口，就是這種措施。我國海關只要查到進來的牛肉原產地是這些國家的話，不管是從那一國運來、有沒有BSE病毒的檢疫證明，全部都要退運並依規定裁罰。這樣嚴厲的禁令當然與自由貿易的原則相違，一般說來只有在特殊情況下，才准採行，而且這種措施都以暫時為主。
此外，進口國最常採用的管制措施就是「限制進口」(Import restriction)，也就是說有條件的進口，例如：規定沒有食安之虞的東西，才准進口。為證明沒有食安之虞，輸入前可能要先申請輸入許可證、或先取得主管機關的同意文件、或逕持相關證明文件通關進口；進口時海關還會加強查驗。這些被限制進口產品，在貿易流通上，因程序繁複故成本較高，自然會喪失一些競爭力。這有點像你想去需要申請簽證的國家旅遊，當然會比去免簽的國家麻煩一樣。
當某國發生大規模的疫病或災變時，一開始在狀況不明的情況下，進口國大都會先宣布「禁止進口」的措施；等到出口國將問題控制住，檢附證據來找進口國重新開放市場時，進口國可派專家前往出口國實地驗證，確信管控的措施有效無虞後，才可能將「禁止進口」的措施，降級為「限制進口」措施。此外，我們說的進口管制措施--無論是「禁止」或「限制」措施--若以國境為管制範圍，管理上比較方便。
