但10月舉行的全民公投中，由於前總統烏力偉（Álvaro Uribe）領導的反對黨「民主中間黨」（Centro Democrático）認為和平協議內容對FARC過度讓步而堅決抵制，和平協議遭到否決。本月3日開始，哥國政府與FARC就公投反對方的主要提議進行協商，包括規範如何讓曾犯戰爭罪行的FARC戰士面對司法、接受懲罰、補償受害人等，雙方最後在12日達成共識，新版和平協議將不再交付公投。
但反對方對新版協議仍不滿意，他們認為最重要的問題「犯下戰爭罪的FARC成員能組成政黨參政」仍未獲得解決，民主中間黨的代表荷約斯（Samuel Hoyos）說：「這份協議最讓我們憂慮的問題仍在。」烏力偉表示其他批評這份和平協議的人希望可以看到進一步的修正。
哥倫比亞國立大學（Universidad Nacional de Colombia）的政治學教授瓦格斯（Alejo Vargas）說，目前的和平協議已經沒有協議空間了，那些批評者也永遠都不會滿意，「對他們來說，任何和平協議都不夠好，因為他們以此玩弄政治手段，為的是 2018年的總統選舉。」
政府與FARC皆表示如果和平協議延後生效，他們擔心和平最後是否能到來。10月公投的結果出爐後，原本已準備接受遣散的近7000名FARC戰士陷入政治與運作的不確定狀態。9月底生效的停火協議也越來越岌岌可危，政府軍與FARC在本月16日發生衝突，2名FARC游擊隊員死亡，另外上周至少共有5名土地權運動人士及左派社會運動領袖遭殺害。
桑托斯總統說，平民遭到攻擊就證明了和平協議不生效的風險，「每過一天就有發生新騷亂的風險，有人失去生命，還有更多人面臨危險。」
