解嚴後通過的《國家安全法》第9條第2款剝奪在白色恐怖時期受軍事審判的民眾向普通法院上訴、抗告的權利，阻斷受難者平反機會。模擬憲法法庭19日召開言詞辯論時，聲請方主張，限制「訴訟權」不符合自由民主憲政秩序，應宣判違憲；代表政府機關的一方反對，指司法將不堪負荷，前立法委員高思博建議仿照美國在越戰期間特赦所有逃避兵役者，由總統對遭軍法審判者特赦。
限制受難者上訴，薛化元：《國安法》比《戒嚴法》還不如
第3屆模擬憲法法庭19日召開言詞辯論。唯一出席的政府機關代表、228基金會董事長薛化元指出，《戒嚴法》原規定，解嚴後因政治案件送軍事審判者可向普通法院上訴，但立法院1991年通過的《國安法》卻限制上訴、抗告權利，連戒嚴時期保障的人權，解嚴後都無法得到保障，「轉型正義就不用談了。」
根據《國安法》第9條第2款，相關案件只能透過再審和非常上訴救濟。司法院釋字第272號以法的安定性為由解釋該條文合憲。薛化元指出，戒嚴體制就是不認定軍法的安定性，才說解嚴後可再上訴，《國安法》比《戒嚴法》還不如。
鑑定人、東吳大學法律系教授鄧衍森肯定聲請方提出變更釋字第272號的要求。模憲大法官高涌誠以聯合國人權事務委員會曾發表的意見詢問鄧衍森，是否在國家緊急狀況下，訴訟權也不能限縮？鄧對此指出，「訴訟權的保障不能減損」，否則，「大概所有人權都不足以獲得救濟」；至於國家緊急狀況能否合理化訴訟權的緊縮，仍要考慮人民對訴訟權的滿足是否受到侵犯。
鄭忻忻：若受害者可上訴，司法能否負擔重審？
在白色恐怖期間受軍事審判者相當多，主張維持現行規定的政府機關代表鄭忻忻指出，若相關受害者可上訴，「司法有無法負擔大量不當案件重審的能力？個案如何通過證據檢視？」她擔心為了保障人權而忽略實踐的困難。
鄧衍森指出，考量是否合憲，「不宜從使用的角度、交易的方式」思考，即使讓人民回復到正常的司法程序，司法機關可能會面臨很大壓力，「這個不是憲法解釋要關心的」，釋憲的本質在「確定憲法的價值、精神、內涵。」
高思博：可考慮以元首赦免權解套
高思博在鑑定意見中，提出可考慮元首赦免權的解套方式，從歷史脈絡的角度思考，而不計較法條適用性。他舉2個例子：1.美國前總統卡特1977年赦免逃避被徵召去打越戰的美國人，約10萬人，就是以重新審視越戰的眼光解決歷史問題；英國數學家圖靈（Alan Turing）在1952年因同性戀行為遭起訴，1954自殺身亡，2013年獲得英國女王的赦免，還他名譽。
模憲法大法官林孟皇質疑高思博這個建議。林指出，國際上對轉型正義的要求，是讓受害者有追求真相與正義的權利，沒了上訴的機會，這個權利就被剝奪了；林也舉例，因美國二戰期間發布行政命令而被關的1名日本人不服法院先前判決，在1986年、事隔30年後仍被容許有上訴救濟的機會。
高思博指出，他同意由司法程序處理司法救濟才是正辦，但他懷疑司法體系有足夠的資源可以處理這些案件的上訴，才提赦免的構想。
關閉受難者司法救濟途徑，只給金錢補償，是否恰當？
我國以法律關閉受難者的司法救濟途徑，只給受難者金錢補償，這種用第二次權利救濟取代第一次權利救濟的機制受聲請方質疑。
聲請方訴訟代理人蘇慧婕詢問鑑定人、中正大學法律學系助理教授王韻茹，這是否代表國家對人民基本權的保障不足，而無法防止其權利受侵害；王韻茹說，的確有此狀況，這也是違憲的，「每個保護不足禁止的個案，要鈞庭發揮智慧說明。」
聲請方也因白色恐怖受難者李媽兜、杜孝生及其後代無法申請到補償，分別聲請《戒嚴時期不當叛亂暨匪諜審判案件補償條例》（補償條例）第8條第1項第2款及補償條例第2條第2項、第15條第1項第1款的兩案釋憲。
依「戒嚴時期不當叛亂暨匪諜審判案件補償基金會」判定，李媽兜因被認定「依現行法律或證據法則審查，經認定觸犯內亂罪、外患罪確有實據者」，不得申請補償；李媽兜被判死刑是依照舊《刑法》100條、《懲治叛亂條例》第2條第1項，這兩項條文也同時聲請釋憲。杜孝生與被告以意圖顛覆政府的湯守仁同案，但他被以貪污罪定罪，因排除在觸犯內亂、外患的冤假錯案之外，未給予補償。
杜孝生案，林明昕：不應用政治概念模糊軍事審判焦點
關於杜孝生案，鑑定人、台大法律系副教授林明昕指出，補償條例及處理《戒嚴時期人民受損權利回復條例》的釋字第477號，都不應以「政治」因素的考量，將權利回復對象限縮在內亂外患罪名者，而應廣泛地以戒嚴時期受軍事審判的人民為對象，「不應用『政治』這個模糊的概念，模糊軍事審判的焦點」，他認為這樣的限縮違反《憲法》第7條的平等原則。
至於李媽兜案，林明昕指出，即使在現在時空下適用現行法律及證據法則，也屬觸犯內亂罪、外患罪確有實據，他認為沒有申請補償的空間，不過應先確認基金會依據的所謂「現行法律」是那個法，以及是否違憲。
李媽兜案，林傳凱：說他叛亂是政府立場、國家主義觀點
不過，對於李媽兜案，鑑定人、研究台共史的台大社會系博士生林傳凱指出，李媽兜從日治時代就是抗爭者，也是少數經中共訓練的台共，回台後在各地建立農工組織，他是當時要推翻國民政權的一環，很多人因此說他犯叛亂罪；但他認為這是政府的立場、國家主義的觀點，必須把當時他們為何採取革命行動的背景及歷史條件放進來看，了解有無官逼民反的成分、及反抗的正當性。
東吳大學政治系副教授陳俊宏指出，釋字第436號已宣告戒嚴時期的軍事審判程序違憲，在這基礎下進行的犯罪事實認定也違反程序正義。
而代表政府機關訴訟代理人洪文浚指出，戒嚴時期適用軍事審判的案件，有許多型態，如果國家回復的補償義務沒有限縮，而是全面的，涉及有被害人案件者也要給予補償，「會不會對被害人的一方產生不正義？」而如果認定補償條例違憲，是否將推翻之前依照補償條例申請補償的案例？
