彭明敏上任後，蔡同榮續任執行長，然而彭明敏對蔡同榮與獨盟的關係仍心存芥蒂，兩人關係漸行漸遠。後來，彭明敏甚至不讓獨盟的人參與FAPA的事務性工作，由於會長與執行長貌合神離，蔡同榮遂發動修改章程，設立常務委員會，將會務交由九名中常委共同決定，這個舉動被外界解讀為架空會長的權限。
一九八七年彭明敏連任會長，FAPA中常委裡有蔡同榮、陳榮儒、樊豐忠和我四位是獨盟人士，另五位非獨盟人士是彭明敏、王桂榮、徐福棟、丁昭昇和葉加興。一九八九年一月改選中央委員，獨盟和泛獨盟囊括三分之二以上席次，接下來在三月二十五日改選第三屆中常委，獨盟又拿下八席，有蔡同榮、陳榮儒、樊豐忠、李界木、羅益世、胡維剛、陳唐山，再加上與獨盟親近的張富美，最後彭明敏遂於一九八九年三月二十九日率領幹部辭去FAPA會長職務。
這段歷史點出黑名單時期的海外反對運動，大家雖目標一致，但理念與手段卻難免不同。
FAPA與孟岱爾：開先例支持美國總統候選人
有別於僅具聯誼性質的同鄉會，FAPA的組織屬性與目標相當明確，加上成員多半是擁有美國國籍或永久居留權的台美人（Taiwanese Americans），所以向美國行政部門或國會進行遊說與陳情較為方便。當時我們除促請美國政府關注台灣實施全球最久的戒嚴令，恣意侵犯人權外，更進一步要求台灣政府釋放高雄事件的良心犯，我們的呼籲逐漸對美國政府產生影響。
FAPA成立後，因漸具成果，海外鄉親比較願意解囊贊助，許多海外社團更不斷加入，讓FAPA日益壯大，活動力更為增強。一九八四年我接任FAPA會長後，推動過幾項活動，包括支持孟岱爾（Walter Mondale）競選美國總統，促請美國國會通過譴責國民黨暗殺劉宜良（江南）的決議案。另外為了籌募政治活動經費，我們還向旅美鄉親募資購買旅館，用經營所得來支持FAPA的永續經營。
過去國民黨在台灣實施獨裁統治與戒嚴，因美國的民主黨較為關心人權與民主議題，所以我們和民主黨的往來自然較為緊密。
一九八三年十一月十三日，民主黨的總統候選人孟岱爾到FAPA演講，針對台灣民主化問題提出幾項承諾，包括促使國民黨解除戒嚴、中央民意代表全面改選、調整歧視台灣人和違反人權的政策，他還誓言當選後要讓旅美台灣人免於國民黨特務的恐嚇。
這些承諾完全符合海外台灣人的訴求，為了表達支持，我們在一九八四年一月二十八日舉辦「台灣人支持孟岱爾競選一九八四年總統募款餐會」，盛況空前。雖最後孟岱爾在大選中不敵雷根，但海外台灣人團體因台灣利益而集體支持美國總統候選人，FAPA算是開了先河。
