所以在1943年，先是丘念台來自廣東蕉城的手下愛將徐森源被丘繼英等人吸收，成為了中共的秘密黨員。隨後他配合東江縱隊發展了一個名為抗日民主同盟的外圍組織，並吸收鍾浩東等台籍青年加入。本來按照徐森源的計劃，他要在日本一投降的當下，就帶領鍾浩東等台灣人加入東江縱隊。畢竟從地緣戰略的角度來看，廣東與香港是向台灣實施滲透的最好據點。
可後來不知道是什麼原因，東江縱隊要求徐森源與鍾浩東等人暫緩「歸隊」的步伐。不料反攻完緬甸歸國的新1軍，在抗日名將孫立人將軍指揮下打回到了廣東，並將東江縱隊位於羅浮山的據點團團包圍起來。最後在美國駐華特使赫爾利（Patrick Jay Hurley）的協調下，國共兩黨達成東江縱隊撤往山東的決議，避免了一場大戰。
既然東江縱隊的主力，都奉毛澤東指示搭乘美國海軍第7艦隊的戰車登陸艦轉移到山東，那麼這支部隊就沒有向台灣滲透影響力的能力。鍾浩東想要完成對台滲透的使命，就只能尋求同樣是地下黨人的台灣義勇總隊總隊長李友邦將軍協助。恰巧此刻李友邦將軍被任命為三民主義青年團台灣分團主任，於是他就順水推舟指派鍾浩東到廣州組織三民主義青年團直屬台灣第3分團。
台灣的光復與回歸，對於尋常百姓與效忠中華民國的台籍菁英而言是抗日戰爭的結束，但是對於左派台灣人而言，這只是另外一場革命的開始。致力於赤化台灣的鍾浩東，就是在這樣的時代氛圍下返回故土的。鍾浩東與李友邦，就是為了實踐這個理念，最終死在保密局的槍口下。
發展基隆中學中共黨組織
在徐森源的輔佐下，鍾浩東將三民主義青年團直屬台灣第3分團經營得有聲有色，配合政府將20,000餘名華南地區的台灣同胞遣返回原籍地。為了完成這項艱難的任務，他甚至還跟台灣老家要了3,000銀圓，才將任務順利辦妥。憑藉著自己出色的表現，鍾浩東再度獲得老長官丘念台賞識，他也在1946年4月帶著妻子、徐森源、丘繼英、李南峰與蕭道應夫婦一起回到台灣。
透過丘念台的關係，陝北公學校學員丘繼英成為新竹縣苗栗區區長，相當於今日苗栗縣的縣長。徐森源則搶先利用與校長吳劍青的私交，潛伏到基隆中學擔任總務主任。到了1946年8月，丘念台與李友邦又出面，聯手推舉鍾浩東出任基隆中學校長。當上校長後的鍾浩東，立即著手展開組織交付給他的任務，先是把徐森源委任為管理學生紀律的訓導主任，又提拔李南峰擔任管理組長。
最重要的是，他還推薦同樣來自屏東客家村的遠親鍾國輝接替徐森源出任總務主任。鍾國輝出生於1914年，與鍾浩東一樣是個抗日意識強烈的激進份子。他回到大陸報考陸軍軍官學校，卻因為無法忍受國民政府的「消極抗日」而倒向中共。比鍾浩東「幸運」的是，鍾國輝更早為中國共產黨接納，並進入東江縱隊擔任大隊長。
