可沒想到桂永清不懂海軍，在部隊裡鬧了很多笑話，使得他對與英國關係比自己更好，而且又更有專業知識的馬尾海軍元老們懷恨在心。與戴笠同樣出身「中華復興社」的他，判斷部下忠誠度的能力也遠遠不如戴笠。他委以海軍總部上海辦公廳主任重任的結拜兄弟徐時輔，居然沒有隨政府一起遷來台灣，而是留在大陸投效中國人民解放軍。
涵蓋噸位最大的重慶號在內，海軍81艘艦艇與3,400餘名官兵的叛變投敵壓垮了桂永清對人性的所有信任。他以整肅匪諜的名義，大規模肅清馬尾體系出身的海軍官兵，還一度下令將時任海軍官校校長的魏濟民關押起來。然而魏濟民背後卻有蔣中正手下愛將，東南軍政長官陳誠將軍的力保，讓桂永清難以將其徹底剷除。
既然殺不了魏濟民校長，他就對魏濟民的學生，以海軍官校第36年、第37年還有第38年三個班的學生施以整肅，造成了海軍白色恐怖案的發生。然而自己曾經誤信共產黨地下黨員徐時輔的經驗，卻讓桂永清深怕自己可能成為下一個遭到整肅的目標。外加他對人性已經極度缺乏信任，在「寧可錯殺100，不可放過一人」的思維下，製造了大量的冤案。
而且受害的，其實也遠不止馬尾海軍系統的人馬。只要稍微有一點言行舉止不符合桂永清的標準，即便是他親手帶出來的「新海軍」，即所謂中央海軍訓練團的學生，一樣難以逃脫被嚴刑逼供、長期囚禁甚至死於非命的下場。可見除了肅清匪諜之外，海軍白色恐怖案發生的大背景，還是來自於海軍或者說整個國軍內部的派系鬥爭。
何應欽派系的垂死掙扎
海軍白色恐怖案，看似影響範圍只限於海軍，其實卻不盡然。身為何應欽姪女婿的桂永清，代表的是中華民國國軍裡最後的桂永清派系。撇除掉蔣中正的天之驕子空軍不去談，此刻台灣的軍權基本上被掌握在三大派系手中。一是前面提到，兼任台灣省主席與東南行政長官的陳誠，二是陸軍總司令孫立人，三則是蠢蠢欲動的蔣經國。
桂永清的潛在敵人，早就已經超越海軍，尤其是隨著陳紹寬留在大陸，逐漸淡出中國歷史舞台的馬尾海軍了。所以他整肅的目標，勢必也會與他和陳誠、孫立人以及蔣經國的鬥爭有關係。比方說1951年慘遭殺害的鮑一民，本身是東北海軍體系出身，抗戰時擔任汪精衛政權海軍煙台要港司令，並在勝利後協助中華民國海軍接收華北。
鮑一民盡忠職守完成海軍交付他的任務，包括協助中華民國海軍由大陸撤退到台灣，既不出自馬尾海軍體系，本身也沒有「附匪」的問題，卻仍然被拘留到惡名昭彰的海軍鳳山招待所。桂永清之所以要殺鮑一民，純粹就是因為他接受了孫立人將軍的邀請，準備替陸軍建立海上巡邏隊。這看在桂永清眼中，無疑是陸軍對海軍的威脅。
