就一個現代化國家而言，舉凡十二年國教、偏鄉教育、雙語國家計畫與教育相關前瞻基礎建設等重大教育政策，其研擬、實施及改進，都需要透過研究以輔助政策成效之提升。而事實上，我國自2000年5月設置國立教育研究院籌備處，到2010年12月制定公布《國家教育研究院組織法》、2011年3月正式成立國家教育研究院（以下簡稱國教院），籌備整整十年之久，並終於整合國立編譯館、國立教育資料館所成立的國教院，照講也應該可以發揮前述功能，並充分達成組織法所標榜的「長期從事整體性、系統性之教育研究，促進國家教育之永續發展」的功能。
然而，在國教院正式成立超過八個年頭的今日，我們不禁要問，這八年來國教院究竟做了哪些整體性、系統性的教育研究？教育部的決策模式是否因此有所改變？而臺灣的教育政策又能看到哪些永續發展的擘劃軌跡？
事實上，長期以來教育部委託大學（通常是委託教授個人居多）進行所需研究計畫的慣有模式，這八年來似乎未因國教院的成立而有任何改變。另一方面，國教院除了繼續從事成立之前，籌備處、編譯館、教育資料館就已經在做的培訓研習、課綱研修、學生學習成就（TASA）調查、教科書審查、編譯出版與推廣服務等行政工作外，在理論上應該是國教院首要職責的「研究」上，也似乎沒能有多大改變。
又從國教院網站所提供的「研發成果」觀察，這些年國教院做的所謂「研究」，或者多半僅僅是以改進既有業務為導向。如此一來，國教院的多數研究，便與一般行政機關為了提升自我績效所做的檢討報告，基本上並無本質差異，故自難成為教育部的決策依據，更遑論是擘劃臺灣教育的永續發展。甚且，前述國教院的既有業務，多數其實是來自於教育部的交辦；就國教院的立場而言，究竟是要以「上級的業務：行政導向」還是「自己的職責：研究導向」為重點，不免就與國教院院長的任命息息相關。
而依據國教院組織法，僅明定國教院院長「比照大學校長資格聘任」，而未適用《大學法》有關公立大學之校長遴選委員會、公開徵求程序及任期等規定。因此，國教院院長即類似一般政務官，教育部部長僅須就具備「大學校長資格」者進行政治任命。而在大學校長法定資格本就即為寬鬆的前提下，有資格擔任國教院院長者所在多有，教育部部長依個人好惡或受上級長官指使，當可對國教院院長依其所需盡情使喚。在這種情況下，國教院究竟是要做好自己在「研究」上的首要職責？還是要認真處理上級在「行政」上的關心業務？不但答案顯而易見，國教院實際上恐怕也是身不由己。
事實證明，即使排除代理院長不算，國教院成立後這八年來，包括回鍋的在內，共計聘任了四任院長；相對於一般大學，八年可能都是同一位校長的情形，國教院院長真可謂是「呼之即來、揮之即去」。老子《道德經》有云：「治大國，若烹小鮮」，國教院這條小魚，在院長更迭頻繁的必然宿命下，恐怕連不被攪得一團亂都屬難能可貴，又豈可期望有什麼「長期」從事整體性、系統性研究的可能性？
又依據國教院組織法，國教院除院長外，另有原則上應為文官公務員的副院長二人，但也規定「必要時其中一人得比照大學校院具教授資格之院長級以上者聘任」（即學術副院長）；其中，所謂「具教授資格之院長級以上者」也是一處頗為莫名其妙的規定。按《大學法》之規定，學院院長除應「具備教授資格」者外，並無其他資格條件限制，但國教院組織法的這種規定方式，實務上卻被教育部解釋成「必須擔任過院長級以上職務者」之教授，方具有擔任國教院學術副院長的資格，而形成「學術副院長」的資格要件甚至比「院長」更為嚴格的離奇現象。就此，更是佐證了國教院組織法確有未盡完備，而應儘速檢討修正，以期國教院得以妥善發揮應有功能。
具體而言，國教院既是研究機構，其中主要構成員的研究人員，亦是比照大學教師分級進用。因此，在《大學法》相關法制相對較為完備的基礎上，國教院院長、副院長、主任秘書等重要職位的任用資格、程序及任期，實在應該在法制上儘量準用國立大學。最後，國教院從成立以來，院長（及學術副院長）一直都是採取從大學借調的模式，這也容易使院長處處仍以原校教授自居，而無心切實謀求院務發展，甚至有矮化或弱化國教院主體地位之虞。就此，為使國教院院長更能與院務發展休戚與共，目前國立大學校長若係由他校教授遴選出線，通常會同時使其改聘為該校教授（而非借調）的實務作法，亦有頗值國教院制度變革參考之處。
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