中研院法律學研究所副研究員邱文聰指出，其實大部分的人們與蔡英文自己都認為，總統選出來就應該站出來負責，「大家心態是比較偏向總統應該主導整個政策落實」，但偏偏會與台灣的憲政體制產生衝突，到底行政院長的角色是總統的執行長，還是內閣制的總理，這樣的不清楚已經在百日執政產生很多問題。
邱文聰認為，當蔡英文想要在第一線落實政策，就不得不跨過行政院、創造如年金改革委員會設在總統府的外掛機制，因為她希望透過新的組織單位能讓總統意志貫徹；第二是權力運作的內在化，這樣的內在化落實在找閣員到總統府開會，變成無法在原本權力制衡下加以檢驗的運作模式，雖然蔡英文希望這樣做，但憲法卻不允許，最後等於架空行政院長。
邱文聰也說，台灣很大的困境是憲政架構不符實際期待，若是要走向總統制，就因為把權力制衡放在國會，放棄用黨主席約束黨員，走到第一線解釋政策；如果今天只是在第二線指揮，覺得做不好就換院長，自己有權無責，「那就會跟馬政府一樣，不符憲政，只會重複過去八年現象」。
林濁水：蔡英文開外掛是因為看到扁馬的施政困境
對於上述的說法，前立委林濁水說，雖然總統看似有權無責，好像可以指揮行政院，國會機能弱化，但政策出了行政院還是寸步難行，「這樣哪裡有權？」他說，但是若總統政績不好，人家一定會追究她的責任，雖然總統再有能力，從權責的角度很多學者不會接受，但恐怕老百姓就是希望有權責的總統。
對於年金改革委員會設立在總統府，看似繞過行政院的「外掛機制」，林濁水認為，蔡英文用外掛補破洞代表著她看過馬英九及陳水扁在面對破洞時無法處理，所以比前兩位更認真面對破洞，但至於有沒有用？他認為功能有限，一定得很嚴肅面對憲政破洞問題，用憲改加以解決總統與行政院長權責不清不楚的問題。
