審判與恩情
從這段日記中可以看出，岡村此時已經提出「技術和經驗的協助」構想，日後將日本軍人的技術與經驗透過白團傳遞給國民政府的想法，亦起源於此。
岡村全盤接受蔣總統指示，並保證會協助國民黨。因此他從蔣介石那裡接下了「中國戰區徒手官兵善後聯絡部長官」的任務，擔負起讓二百萬日本軍民回歸本土的任務。位於延安的共產黨總部，發表了二萬名以岡村寧次為首的戰犯名單。共產黨一開始便將岡村指定為戰犯，是因為共產黨對於自始至終一面倒，協助國民黨的岡村感到相當憤怒，甚至到了憎惡的地步。
一九四六年六～七月這段期間，我國政府內部一直在討論「是否應當逮捕岡村，將他以國際法庭戰犯的身分送回日本」的問題時，何應欽強烈主張岡村應當無罪。同時另一方面，在詢問是否逮捕岡村的行政文件上，蔣總統最終批示了「否」！
一九四八年一一月二五日，東京大審判決結果，傳到監獄中，岡村在日記上寫著：
我得知了土肥原、板垣等人被處死刑的消息。在我年輕時代的同期畢業生中，和我一樣憧憬大陸、攜手一路走來的同志盟友共有四人，其中的土肥原、板垣被處死刑，磯谷和我則被囚禁在大陸的戰犯監獄裏，實在令人感慨萬千。
一九四八年十一月二十八日，一份當時留下、蓋上「極機密」的陸軍檔案，標題為「處理岡村寧次政策意見」裡面，曹士澂分析共產黨不斷散布「岡村以我軍顧問身分指揮徐蚌會戰」的流言，目的有三點：
一、日軍投降時，岡村服從中央（國民黨）命令，對抗共產黨。
二、進行所謂「國民政府利用戰犯」的政治宣傳。
三、升高人民對於國民政府的不滿。
這場會議中，國防部、司法部、外交部、行政院、軍法局各單位均派代表出席，席間認為應判岡村有罪，特別是死刑或無期徒刑的佔絕大多數，但此時曹士澂再度起身，強硬主張：
在政治上判處岡村無罪的理由：眾所周知，岡村一向堅守反共立場，若是將他處以死刑，正好稱了中共的意。相反地，將他釋放回到日本，則是相當有利的決定；岡村必定會感於這份恩義，在日本繼續堅持反共的立場，並且很有可能在將來的反共戰爭中，成為支援中國的一股力量。
經過這番陳述，出席者的意見，全部轉變為支持岡村無罪。
一九四九年一月二十六日，上海戰犯法庭對於岡村寧次的最終審判開始：
審判長是司法官考試第一名，受眾人矚目的福州才子石美瑜，他對於日軍佔領上海期間的「漢奸」進行徹底而嚴格的審判，因此聲名鵲起，而被拔擢為審判長。
在庭上，檢方具體要求對岡村處以死刑。經過辯護、討論、到中午休庭後將做出結論。這時，石美瑜將陸超、林健鵬、葉在增、張身坤四位法官，叫到審判長室，取出了已經蓋上國防部長徐永昌大印，寫著「無罪」兩字的判決書。
