民進黨政府多次表達「絕不接受」南海仲裁文，其中也因台灣在南海仲裁案中被多次以「中國的台灣當局」相稱，政府指此稱謂「貶抑我國作為主權國家的地位」。學者則對仲裁庭如何處理台灣地位有不同看法，但同意這次的仲裁案像是「照妖鏡」，讓台灣地位在國際上面臨的困境現形。
法務部與台灣國際法學會6日舉辦「南海仲裁案與台灣」研討會。在「南海仲裁案與台灣地位」的議題方面，政大國際法學研究中心研究員宋承恩指出，中國在2014年提出立場文件時曾批菲律賓刻意將太平島排除在中國控制、佔領的島礁外，嚴重違反「一個中國原則」，而前總統馬英九對此沒有異議。
宋承恩：切斷與中國歷史連繫，對太平島主權主張才有主體性
他指出，仲裁庭在訴訟過程中為「太平島屬於第三方」保留了空間，他曾呼籲馬英九政府應介入、參與，但未被接受，不要觸怒中國應是其主要考量。
宋承恩指出，仲裁結果並未直接對太平島做任何實體性的判決，而是在確定管轄權時連帶就相關事實與證據認定其地位，並未對台灣產生任何有拘束力的判決，台灣可主張對我不生效力，不需因「中國的台灣當局」就對號入座。
宋承恩說：「不是說仲裁庭叫我『中國的台灣當局』我就拒絕接受，叫我『中華民國』我就接受。」而是要看仲裁庭的處理，仲裁庭的確有深入考慮到台灣在國際上的位置，在南海的位置，特別是太平島擁有者的位置。
他認為，南海仲裁案可看出海域與領土的爭議是可強制用爭端機制處理的，這件案子是「照妖鏡」，「我們沒有空間不處理在國際司法上，台灣的國家定位問題」，若不要做「中國的台灣當局」，最好的方法是以「第三方」身份介入，而台灣對太平島的主權主張必須切斷與中國的歷史聯繫，才能有台灣的主體。
蔡季廷：仲裁廷並未採取極端「一中法理」
台灣大學政治系助理教授蔡季廷認為，仲裁庭並未完全將台灣的地位視為附屬於中國，在實體審理階段，法官問菲方律師，台灣各種實踐的法律效力是否歸於中國以及台灣是否代表中國，這是最接近處理台灣地位的部分；菲方律師表示，1949年以前的中華民國的行動自應歸於中國，之後則不代表中國。
蔡季廷指出，仲裁庭或菲律賓並未採取極端的「一中法理」看待台灣，例如並未稱台灣為「中國的一省」，雙方都認為「中國的台灣當局」接近於「特殊實體」的概念；而國際上「特殊實體」，在不同場域有多元彈性身份，如同台灣在不同國際組織有五花八門的權利義務，「台灣的定位不可能在南海仲裁案中確定。」
林廷輝：太平島包進中國，台灣間接包到中國
新台灣國策智庫副執行長林廷輝持不同看法。他指出，雖然仲裁文對台灣的稱呼除「中國的台灣當局（Taiwan Authority of China）」之外，還有「Republic Government of China（中國的共和政府）」、「Republic of China（中華民國）」，但不管用那個名詞，仲裁庭都「試圖要把太平島包到中國，間接也把台灣包到中國」。
林廷輝舉例，仲裁書提及，馬英九曾邀請仲裁員到太平島參觀，但仲裁員以中國強力反對而拒絕，如果太平島是台灣的，「何以中國抗議就不來了？」。
林廷輝指出，他同意宋承恩將仲裁案比喻為「照妖鏡」，仲裁文「照清楚台灣的主體地位是什麼。」仲裁案後，仲裁庭已解散，林廷輝建議政府現在邀請仲裁員到太平島走一走，也可推展國際觀光，「總不會因中國抗議就不能來。」
姜皇池：仲裁衝擊台灣總體國際法定位
台大法律系教授姜皇池指出，稱台灣是「中國的台灣當局」當然不能接受，「會把我們害死」，仲裁庭認為台灣是中國的一部分，即使爭取到太平島被認定為島嶼，也是「中國的島嶼」，馬英九從頭到尾都知道，但「一句話都不說」。
姜皇池指出，「台灣是中國的一部分」是菲律賓及仲裁庭庭審理的前提，台灣不能接受這樣的前提，才能主張判決僅能拘束中、菲，不能拘束台灣；雖然如此，台灣仍需審慎因應判決對台灣總體國際地位的衝擊。
他指出，仲裁文提到，菲律賓主張「台灣當局」與中國在極大化太平島的可能海域權利上有著相同的利益，「台灣當局」與中國都宣稱代表中國擁有太平島的主權，因菲律賓在此又強調它支持「一個中國政策」的立場，如此不僅衝擊太平島的法律地位，更衝擊台灣總體國際法定位問題。
