根據106年度中央政府總決算審核報告，各農田水利會在2017年度依其退休優惠存款處理要點，補貼5%至12%不等之退休優惠存款利息，合計1億4999萬餘元，且各農田水利會依其財務狀況不同，分別訂有5至17年不等之優惠利息年限，桃園、新竹、苗栗、台中、嘉南、高雄、七星、瑠公等8個農田水利會，甚至未限定優惠利息補貼年限；南投、屏東2個農田水利會係以政府補助會費支應退休人員之利息補貼，形同是由政府編列預算補貼退休職員優存。
高達17億元的勞退撥補缺口，農委會恐埋單？
除了退休職員優存之外，部分農田水利會目前仍未足額提撥員工退撫基金。
勞動部於2016年6月30日公告修正《農民團體中之農田水利會適用勞動基準法》，自去年7月正式生效，農田水利會改制後，人事制度將採公務人員及水利會人員雙軌並存，現有人員繼續適用農田水利會人事管理規則。根據審計部統計，若以2016年6月30日為基期，全台15個農田水利會推估須支付退休金金額為32.96億元，但各水利會已提撥之退撫基金存款僅15.87億元，不足17.1億元。明年改制為公務機關後，相關勞退撥補缺口，恐怕得由農委會埋單。
據了解，面對農田水利會改制後，高達17億元的勞退撥補缺口，農委會方面目前正與勞動部協商，爭取農田水利會暫緩甚至排除適用《勞基法》。
農田水利會改制後，12%優存會廢掉嗎？
農委會農田水利處處長謝勝信表示，由於農田水利會到明年10月才正式改制為公務機關，在尊重各水利會之運作，農委會會等到明年10月將水利會納編後，再通盤檢討農田水利會退休職員12%優惠存款的存廢。
事實上，農委會為了安撫水利會基層員工，去年《農田水利會組織通則》修法通過後，也在官網上開闢了「農田水利會改制後人事制度Q&A」，除了強調改制後，人事制度將維持既有農田水利會人事制度，人員工作權益仍維持，「不另訂優退方案」之外，水利會人員之退休制度，原則上依現行制度運作，「以一次性退休金為原則」。對於改制後，現有員工之升遷、子女教育補助等福利制度是否會受影響？農委會方面強調，會現行之升遷、福利待遇制度，將以不更動為原則。
不過，農田水利聯合會早在扁政府執政時代，就曾針對水利會退休職員優惠存款存廢問題進行討論，2005年11月，水利聯合會針對「農田水利會會長及職員退休優惠存款要點」實施之檢討，包括退休人員優惠存款之改革，是否應追溯既往當時都曾討論。
