當然，我們也不應排除真有惡質教師危害教學的可能性，例如就真的有大學教師僅僅只是因為學生課堂衝撞教師的授課方式，便全班成績打零分之事件發生；或是有些大學教師一學期上課不到兩、三週，其餘週次都在課堂放電影；甚至有些教師還會在課堂上散佈各種歧視想法與字眼。於是，就有了第21條的後半段條文「作為教師升等、續聘、長期聘任、停聘、不續聘及獎勵之重要參考」。但是此條文之弊也便是由此而生了。
為何？這又得回到《大學法》第1條「大學應受學術自由之保障」的精神，且應讓大學教師在不受任何外力干涉的情況下進行各類學術活動（當然也包括研究與教學），所以在今年5月10日三讀通過新修訂的《教師法》第13條中才會有「教師除有第十四條至第十六條、第十八條、第十九條、第二十一條及第二十二條情形之一者外，不得解聘、不續聘或停聘。」的規定（這些例外條文，指的是內亂、外患、貪污、性侵等罪判決確定者；或是指性騷擾、霸凌或體罰而造成學生心身受創者；或是教學不力及違反聘約情節重大者），其原意也是在保障教師的基本工作權益。換言之，大學教師如若不是犯了重大違規事宜，大學不得隨意解聘、停聘或不續聘教師。此條文明確說明了大學教師學術自由的界限，一方面是對違反該界限的大學教師給予懲處，但另一方面也保護了大學教師不被此界限外的行政或政治因素所干擾。
如此一來，《大學法》第21條的獎懲機制，就明顯與《教師法》第13條的學術界限產生矛盾衝突。這樣的矛盾，在過去大學仍屬菁英教育時期，除政府明確的政治迫害事件外，大學行政管理與教師學術自由之間的衝突，尚未明顯白熱化。但是，隨著近二十年來的開放廣設大學政策、大學總體錄取率達100%、以及未來少子女化浪潮的來襲，各大學為求生存而開始以績效之名裁減系所組織或干預教學與研究，而且這樣的矛盾更在《大學法》第19條以及新《教師法》第27條的助長下無限上綱。
原因就是各大學援引《大學法》第19條：「大學除依教師法規定外，得於學校章則中增列教師權利義務，並得基於學術研究發展需要，另定教師停聘或不續聘之規定，經校務會議審議通過後實施，並納入聘約。」以及《教師法》第27條允許各大專校院在系所組織調整、減班、停辦、解散的情況下可以資遣教師。換言之，各大學可以完全無視於《大學法》第1條的學術自由精神，僅僅只以大學聘約或系所調整為由，就可以對教師進行停聘、不續聘或資遣之處置。這難道不是法規條文之間的不一致，造成各大學可以操弄教師權益與干涉學術自由的模糊地帶嗎？
