吳仁華強調，當時有多個部隊的確接收到可開槍的命令，他認為這一定是經中共高層集體討論，並得到鄧小平許可。李曉明也認為，一旦允許開槍，部分急躁不安、年輕及知識水準較低的軍人就可能不鳴槍警告而直接對民眾開槍。
主要死傷在天安門廣場周遭，吳仁華經過對各戒嚴部隊途經地點和北京各家醫院的資料搜索，確定從六月三日至六月四日清晨，北京發生軍民衝突地點有一百多處，接受死難者遺體和傷員的醫院有八十多家。
戒嚴部隊開槍屠殺主要發生在三個區域，主要是第三十八軍掃射木樨地至西單路口，延伸至西長安街一帶，還有在南池子街南口的民眾；空降兵第十五軍在天橋、珠市口、前門一帶開槍。
至於天安門廣場是否有死難者？中共當時強調戒嚴部隊在天安門廣場清場時沒有開槍，而當時參與抗爭的台灣歌手侯德健也稱未見到屠殺，但吳仁華認為天安門廣場面積約五十萬平方公尺，清場從凌晨一點半左右持續到約六點，加上光線不足，任何個人所見不能反映整體天安門廣場清場狀況。
吳仁華也強調，包括他自己與許多親歷者都聽到在天安門清場過程中不斷有槍聲，也的確有具名學生在毛主席紀念堂、廣場北端的國旗桿附近、廣場東南部中槍死亡。只是軍隊最後驅離堅守紀念碑基座的數千名學生時，沒有掃射或碾壓。
李曉明指出，一一六師部隊在六月五日九點抵達天安門廣場，他及同袍在人民英雄紀念碑附近的垃圾堆發現一條黑色緊身褲腿腳有一彈孔，一件花棉衣內部一側有血跡。
然而，六四戒嚴部隊的屠殺行動並沒有因廣場學生撤離就止歇。參與八九民運、被坦克碾斷雙腿的方政，此次也來台出席相關六四紀念活動。
方政說六月四日清晨他被驅離廣場後，走在廣場北側西長安街六部口附近，為了救援夥伴，他被坦克部隊從後方高速輾過。「當世人欽佩六月五日擋在戰車前的『坦克人』王維林的勇氣時，也希望大家記得解放軍坦克真的有碾壓人民。」方政說道。
最為可信的死亡數字：二六○○
六四鎮壓死亡人數有多少？吳仁華分析軍民衝突地點及醫院救濟狀況指出，北京紅十字會當時統計約二六○○人死亡（傷三萬人）最為可信，英美外電解密顯示一萬人被殺則太多。八九民運學生領袖封從德考據各方文獻，認為死難人數三千人以上。
由於中共當局在六四後強調，戒嚴部隊是因暴徒殺害戒嚴部隊官兵，才採取武力反制。吳仁華卻反駁說，這是倒因為果，他經過縝密地資料搜集和研究，確認戒嚴部隊軍警共死亡十五人，死亡時間皆在六月四日凌晨一點鐘以後，而戒嚴部隊在三日晚上十點鐘開始開槍殺人，所以民眾是因戒嚴部隊開槍才以暴制暴。
