自救會：依據實地統計，民族路地下道尖峰時段一千輛車子中，只有1%是大客車，如線高真的從4.5公尺變3.5公尺，也只有1%的車子不能過，這不能用交通管制請大型車改道處理？何況自救會得到的資料限高只降到4.27公尺，不是3.5公尺，這個高度足夠全台灣所有車輛通過。
問題四、臨時軌版不利台南車站古蹟保存？
交通部：臨時軌版是地下車站 在台南車站古蹟地下做，部分跟古蹟重疊，經建會認為這樣做太危險。東移版在現有軌東側做地下車站，距離古蹟包括站體及第一月台至少保持20公尺的安全距離，核定案對古蹟保護比較好。
自救會：臨時軌版的古蹟保護方案無比堅強，不會影響古蹟。
問題五、兩個版本的交通影響為何？
交通部：東移版對交通影響較小。
自救會：臨時軌版沒有交通黑暗期，東移版有。
問題六、兩版本何者為優？
交通部：綜合評估用地取得面積、建物拆遷面積、古蹟保護、交通維持、鐵路施工風險、都市景觀縫合、時程、成本，東移版都比臨時軌版優。
自救會：臨時軌版各項都遠勝於東移版。而且最重要的是，徵用的土地只要2年10月土地就可歸還人民，而東移版的土地徵收是不合法的，不是不合良心或道德。
問題七、東移版是否有 「以土地開發利益回饋鐵軌建設」？
自救會：96年10月4日交通部呈行政院修正本：「原案採租用，且考量其用地期限已達五到六年，甚至更長，與永久用地無異，故仍採徵收辦理」。96年10月25日經建會函覆行政院：「並研析該臨時軌可供作後續其他交通路線(捷運或輕軌)路廊使用，以減少政府重複投資之浪費。」決議不合法。
交部部：沒有回答。
問題八、水資源保育聯盟提出其他問題
(1)85年、99年環評定稿本記載全長7.55公里，但目前的版本變成8.23公里，這部分有違法。
(2)依成大一分報告指出，鐵路地下化後將造成鐵道東邊上升1.6公尺，完工後很容易淹水。鐵道西邊則下降1.6公尺，會造成地層下陷、海水入侵危險。關於這部分過去的環評都沒有評估，交通部應重送環評審查。
交通部：沒有回答。
＊作者為獨立記者
