著名的流感大爆發均為甲型流感病毒，最多導致千萬甚至上億患者死亡，包括1918年西班牙流感、1957年亞洲流感、1968年香港流感、1977年俄羅斯流感，以及2009年豬流感和2003年H5N1禽流感、2013年H7N9流感等。病毒表面有血球凝集素（H）、神經氨酸甘酶（N）蛋白突，N共有16種,H有9種來進行排列組合。翁院長的團隊將上百種不同的醣分子固定在晶片上（醣晶片）作為快速臨床檢驗的工具。只要少許唾液，就可以利用醣晶片在幾分鐘內迅速判斷是否感染流感病毒，感染到A型還是B型流感，更可以細分出是否為甲型亞種病毒，還是新流感H1N1，甚至鑑定是否為愛滋（HIV）等病毒，為治療爭取到黃金時效。
人體細胞表面一般覆蓋著大量的醣分子結構，在不同的細菌及疾病細胞（如癌細胞）上，醣衣結構會隨著細胞的生長、分化及疾病而會有所變化，找出這些特殊醣分子並利用它們來製備出抗菌或抗癌疫苗或早期檢測工具，對疾病治療及預防有重大的貢獻。翁院長的團隊找到的特殊醣分子在癌細胞表顯如下：
檢測Globo H醣分子能早期發現癌症，並可結合Globo H製造抗原，使免疫細胞攻擊有Globo H的細胞，治療癌症。
當前流感疫苗大都用用雞蛋或細胞培養去活性病毒，每年都不同。如果改用血凝 素上面，病毒無法突變的同源性的序列醣分子作為新抗原，不但準確高，還用來設計廣效流感疫苗（universal vaccine）。翁院長團隊已經利用先前發展出的穩定醣蛋白，研發帶有單醣的血凝素疫苗，在小鼠和雪貂體內實驗成功。
靈芝案例
翁院長在2005年接受健康靈芝訪問時指出，靈芝多醣蛋白分子量差不多一百萬到一千萬左右，分子量太大無法進到細胞裡。當他團隊把醣蛋白的蛋白質破壞掉，發現分散的多醣體，仍有調節免疫的作用。至少其中一種受體，可以透過巨噬細胞表面的TLR4受體，啟動免疫反應。另外至少還有一個受體在樹突細胞（dendritic cells）也有反應，仍待確認。找出靈芝多醣有效的分支結構，就能發揮靈芝的活性功效。
許多中藥或傳統處方蘊藏有效醫療醣體，但是如果無法將有效結構萃取吸收，不能達到醫療、保健功效。「結構構形」可以釐清到底是什麼成分在作用，及其化學結構。靈芝多醣的研究瓶頸是化學的問題，而不是生物的問題。
靈芝多醣體大約在1970年代就開始被討論，三十幾年研究一直停留在某個層次沒有進展；要能突破必須清楚解構多醣的立體構造，要把多醣體能與受體作用的部分決定出來。翁院長表示如果有一個實驗室，一年內就能把靈芝多醣解構出來。
