前副總統呂秀蓮在新著《非典型副總統呂秀蓮》中透露，當年520就職日前夕，前總統陳水扁在宣布新任閣揆人事的十分鐘前才臨時向她告知此事，阿扁在選舉時常說的「共參國政」，自此讓呂秀蓮深覺幻滅。呂秀蓮更透露，李登輝因為和連戰交惡的經驗，曾在陳水扁當選後登門請益時，耳提面命務必提防副總統。
呂秀蓮回憶，當年520前的某天下午，陳水扁推開她辦公室門匆匆而入，突然告知新任政府的首位閣揆人選已定，將請國防部長唐飛出任行政院長，此事讓呂秀蓮有所感慨，「選舉的時候我跟你南征北討、分進合擊，如今這麼重要的閣揆人選，你要開記者會前10分鐘才告知我。」呂秀蓮說，她想起扁在選舉常說的「共參國政」，從此幻滅。
扁原屬意李遠哲 拒後才接受唐飛
雖然閣揆任命屬於總統職權，但究竟是誰出的主意，仍讓呂秀蓮深感好奇。據她回憶，長榮集團已故總裁張榮發曾在選戰末期，邀請他們到家中作客，張榮發當時興沖沖表示，「當選後行政院組閣的人選他都想好了，你們只要努力衝刺就可以。」這番言論讓呂秀蓮覺得他彷彿是「King Maker」。
然而根據陳水扁所寫的《世紀首航》一書，想到邀請唐飛組閣的是阿扁本人，他的第一人選原是中央研究院院長李遠哲，更早之前，阿扁甚至甘屈副手，力促李遠哲選總統，但李遠哲堅持不就。當選後，扁、呂感謝李遠哲在投票前夕的支持，力邀他出任行政院長，但李長考後仍婉拒謝絕，最後才接受唐飛。
李登輝的不愉快經驗 影響扁、呂關係
談及副手地位，呂秀蓮指出，前總統李登輝對副總統連戰的不愉快經驗傳承給了陳水扁，她和阿扁的關係因此深受影響，這是她自己未曾料到的因素。
她說，李登輝在蔣經國晚年出乎意料擔任副總統，當時正值戒嚴時期，一位本土台灣人副總統自然不可能獲得來自中國的蔣經國信任。李登輝當上總統後，為了安撫外省籍的國民黨人，因此任命外省籍的李元簇為總統，李元簇為取信李登輝，曾對外表示自己要做個「沒有聲音的副總統」，４年之間，他果真成為一位無聲無息的副總統。
1996年總統民選，李登輝與時任行政院長連戰搭檔參選，當選後仍兼任閣揆，李登輝也對連戰信賴呵護有加，呂秀蓮說，「連戰不再無聲無息，而是有聲有色。」然而4年之後，連戰競選總統失利，立即翻臉批鬥李登輝，逼他交出國民黨主席的棒子，兩人反目成仇，李登輝也因此被國民黨掃地出門。
呂秀蓮透露，李登輝曾在陳水扁當選後登門請益時，耳提面命務必提防副總統，包括不能讓副總統批公文，總統出國時也不必讓副總統暫代。
呂秀蓮說，李登輝時代，連戰不能參加國安會議及大小軍事會談，甚至經過總統辦公室時還得退離一段距離；相形之下，她能參加國安高層會議，出席每月一次的大軍事會談，後來幾年還可以每週與總統共進用餐，也算不錯。
但另一方面，相較於嚴家淦、連戰得以副總統兼任行政院長，實際享有行政大權治理國家，李登輝甚至在九二一地震後任命連戰擔任救災總督導，讓他擁有數千億元救災基金的指揮調度權，這點則讓呂秀蓮「自嘆弗如」。
「深宮怨婦」吐苦水 ：這不是媒體暴力，什麼才是？
對於副總統的備位性質，呂秀蓮積怨已久算不上新聞，但常出現在媒體上的「深宮怨婦」一詞，則讓她忿恨難平，認為媒體造謠挑撥，令她只能像啞巴吃黃蓮，有苦難言。
呂秀蓮透露，將她比喻為「深宮怨婦」始見於《中國時報》，她說，幾經打探，得知當時執筆的是一位與扁幕僚同學的記者，他的妻子也是記者，之後隨呂出國參訪時，「正經事一字不報，專找小事奚落我。」呂秀蓮舉例，她在參觀鳥園時曾被鳥啄，該名記者大幅報導，但對於她在國外演講及獲頒榮譽博士等事卻隻字不提。
自此之後，「深宮怨婦」四字被漫畫家渲染，以誇張手法扭曲副總統角色，「完全藐視我是跟阿扁踏遍全國，握遍數百萬人的手，將近六百萬選民投票選出的國家副元首。」呂秀蓮說，她與其生氣，只能承認新女性主義「革命尚未成功」，原來台灣社會，尤其口稱民主的綠營政治人物，根本還未做好「兩性平等共治」的準備。
呂秀蓮回憶，520就職前夕，時任立法院長王金平曾邀請同是立委出身的陳水扁和她「回娘家」，與朝野立委老同事們晤談，她當著大家的面，忍不住脫口而出，「各位都是立法院老同事，擁有修憲大權，我想表達一下意見。」她說，總統和副總統候選人都印在同一張選票上，「我也是選民選出來的，如果要求副總統沒聲音，不如修憲廢掉副總統。」建議將來若有機會修憲，應規定清楚副總統職權。
呂秀蓮說，她當眾感嘆，不要因為她是民進黨的女性副總統，就有這麼大的差別待遇，「難道要我當4年的深宮怨婦嗎？」語畢，王金平等人安慰她，「妳的聲音，我們都聽見了。」阿扁當時也希望，呂秀蓮能多些耐性，否則520後事情多得讓人受不了，「到時候妳不要又說副總統應該是沒有聲音的人。」結果隔天各報都以頭版頭報導此事，斗大的標題則是「呂秀蓮：要作深宮怨婦」。
她感嘆，「深宮怨婦」此後便被烙印在用生命和理想意志拚搏出來的台灣首位女性副總統身上，媒體顛倒是非的標題，不啻宣判副總統半個死刑，「如果這不是媒體暴力，什麼才是？」
