捲入浩鼎案的中研院長翁啟惠二度入府與馬英九總統會面，除了再度致歉，並未再提辭職之事，僅表明願意「提前交接」，此舉被視為與前院長李遠哲「唱雙簧」，讓馬英九在卸任前吞下中研院評議會提送的新任院長人選；如果這真的是「雙簧」，那唱的肯定不翁李兩人，從中研院出面為翁啟惠解釋他為何不宜請辭的記者會看來，這簡直是中研院自創院以來最隆重的一齣「大合唱」。
浩鼎案爆發以來，中研院不只一次出面為翁啟惠開脫，從無違利益揭露原則到請辭不宜，這群由全國理應是學問最大、學術成就最高的人組合的機關，遇事的處理態度，遮之掩之扭捏之護航之；而對於新任院長遴選過程中的諸多爭議（照翁啟惠的說法），不論是事前「洩密」並放話任令「親中」帽子亂飛，到臨時變更遴選辦法，以利李遠哲屬意人選順利最高票出線，到當選人之一的院士郭位聲明退出遴選，中研院的表現只能用四個字形容：手足無措。
中研院不自救，沒人能救
這群最有學問的知識份子，硬生生讓中研院人事陷入極尷尬的處境，進退兩難，不過，他們還是有足夠的驕傲讓自己的尷尬，成為總統的尷尬或難題；即將卸任的馬英九總統，大概沒這個智慧和臉皮裝傻，還得費盡周折思考如何處理？或如何與總統當選人蔡英文商議如何處理？然而，不論即將卸任的馬英九或即將就任的蔡英文，總統的權柄只能及於同意中研院評議會提交的最高票人選，卻不可能照顧或挽回中研院墮落的學術形象，中研院要砸自己的招牌，大羅天仙下凡都救不了，何況是人間權力者。
翁啟惠滯美期間，二度表明要辭；反倒回台之後，堅定不辭，認為此時請辭會造成中研院「人事動盪」，滯美不歸而辭沒有動盪問題嗎？更妙的是，他彷彿釋出善意表示，「如蒙總統允准」，他將把院務交給副院長處理，換言之，他自己停止職權行使，要知道公務員「停職」也是處分的一種，他不讓總統停他的職，倒免了馬英九落下一個「總統停職中研院長」的惡名，但也免了院長空缺期間總統發布代理院長的可能。
院長因特殊情況出缺，副院長仍有不隨同卸職的空間
奇特的是中研院上上下下都認同翁啟惠請辭，的確會造成「人事動盪」，因為依照任用規定，「三位副院長也將隨翁同時卸任」，將引發行政空窗期。
根據中研組織法，院長由中研院評議會就院士中選舉產生，報請總統任命之；副院長由院長就院士中遴選，併同其任期報請總統任命之；而院長任期五年，連選得連任，副院長任期不得跨越院長任期。
從法律條文看，院長和副院長是總統分別任命的「特任官」，總統在發布副院長人事令時，其任期都明確定在今年的十月十八日，符合「不得跨越院長任期」（翁的任期到十月十八日），同時由於副院長由院長選定，新院長就任，副院長當然併同舊院長卸任，改由新院長重新選定副院長；問題來了，如果院長提前解職或辭職，副院長任期到底該不該提前解除？從總統人事令來看，他們的任期都是明定在案的，當然不必；但若新院長提前選定，基於對新院長的尊重當然應該提辭，以讓新院長有人事權，但是，中研院不是行政院，沒有「內閣總辭」的問題，如果新舊院長無縫接軌，自無困擾，如果新舊之間有空窗期，副院長只要任期不超過十月十八日，就沒有違反規定，否則若是院長因病出缺，在新任院長產生前的空窗期，副院長也得一起卸任嗎？
翁啟惠不請辭，好讓中研院能新舊無縫接軌，或許真是一番好意，實則大可不必。因為中研院新院長已經遴選產生，翁也表明希望一、二周內順利提前交接，以目前情況，連李遠哲大概都不耐煩翁啟惠留任到十月十八日，翁的去留只有在五二０前或五二０後的問題而已，不論是他請辭或停職，現有三位副院長在其任期內代為處理院務誰曰不宜？照中研院的邏輯，各部會若首長涉案請辭或解職，次長難不成全跟著倒楣要下台？
中研院人事爭議，還需要繫鈴人自解
距離五二０不過三星期，馬英九心狠一點，反正總統權力不及於中研院，何須卸任前煩心？何況浩鼎案還在偵查期間，連起訴都沒有，以無罪推定為原則，也不宜以「道德」之由逼辭翁啟惠，道德與尊嚴相同，都是自律而非他律原則，翁啟惠愛辭不辭，由他去，中研院要如何維護自己的形象，讓大學問家們自己傷腦筋，中研院新人事留中不發讓新總統去選定，符合政權過渡期間不處理重大人事的精神，蔡英文還得跟馬英九說謝謝。
馬英九若再狠一點，還有一招，直接發布命令，准許翁啟惠自請停職（不是總統停他職），中研院務由副院長某某人代理，或更輕淺一點，只述明「暫代院務」；中研院呈送新院長人選案，退回中研院，請中研院在五二０後再提請新任總統圈定，當然，如果馬英九不想給中研院太多臉面，也可加註「基於翁院長所述『新任院長遴選過程與結果意外發生外界之諸多紛擾』（不是總統說的），中研院應評估是否重開評議會，以供新任總統選定時無有爭議」。
當然，可想而知，主導中研院長人事的前院長李遠哲，不會讓中研院重開評議會，以中研院迄今的表現，大概也沒有膽氣呼籲院方重開評議會，反正選來選去都是李遠哲的人，也是蔡英文的人，李遠哲和翁啟惠別費力氣將馬英九的軍了，這樣的中研院，難保未來五年還會不會出什麼包？倒是得防著不要再出紕漏，到時候他們將的就是蔡英文的軍了，而蔡英文和執政的民進黨，肯定不會像馬英九除了道德勸說，完全沒輒，這個攤子，馬英九收拾不了，就讓蔡英文和李遠哲自己收攏吧。
