爭議三：代工廠有沒有付權利金的責任？
任何有智慧財產權基本常識的人都知道，代工廠其代工就是製造，是製造就屬於專利權的內涵，只要製造的產品落入請求項（專利權）即構成侵害專利權，必須取得專利權人的同意，如簽有授權合約就必須依約給付權利金。
「智慧財產權由品牌廠負責，不關代工廠的事」這個命題以專利法而言是不正確的，也從未被各國法院支持過。各國專利法皆規定專利權人得禁止他人製造、銷售、使用專利產品。專利權人得對製造者、銷售者或使用者之全部或其中任一人行使權利；就同一產品，只要其對其中任何一人行使權利取得對價，其權利即耗盡，不得再向其他人行使。
所以微軟是否向品牌廠即銷售者請求，或對代工廠即製造者請求，微軟有權決定。實務上品牌廠及代工廠如何決定分擔專利侵權責任，概由二者的市場地位與力量而定，通常二者以契約規範，專利權人無必要干涉。權利人既然可以決定對品牌廠或代工廠行使權利，請求智慧財產權被侵害的賠償責任，則當代工廠被專利權人追訴時，自不得以其與品牌廠之代工合約約定主張不負侵權賠償責任。
微軟告錯對象了嗎？郭董一直強調微軟告錯對象了，他認為「微軟主要告的是使用Android系統的手機。因此，真正的被告，該是鴻海子公司、香港上市的富智康。因為小米等Android系統的手機代工由富智康負責，鴻海主要生產採用iOS的蘋果手機。因此，基本上Android跟鴻海沒有直接關係。」。
但如前所述，微軟起訴主張的是鴻海違反與其訂定的機密專利授權協議，所以是否告錯對象，端視鴻海是否為該協議書的簽約人？這個答案不答自明。簽協議書的不是鴻海子公司富智康吧！
郭董說微軟應該告富智康的理由是「因為小米等Android系統的手機代工由富智康負責，鴻海主要生產採用iOS的蘋果手機。」，此理由是否成立，取決於鴻海簽署的機密專利授權協議書是否包括其子公司或關係企業，以及未授權產品（Uncovered Products）的定義是否涵蓋iOS。依筆者之經驗，微軟與鴻海所簽署專利授權協議書是否包括鴻海之子公司或關係企業，答案應該是百分之百肯定。至於iOS系統的手機是否在未授權產品，而為授權專利所涵蓋，並進一步研究是否落入授權產品之列？則因該專利授權利協議是機密未公開，目前無從得知而判斷。
富智康董事會代理主席池育陽稱「品牌廠要求不要付錢給微軟。」，又說「關於這件事情，我們所有客戶都正式要求我們，不能代替他們協商和支付，也不能透露產品相關訊息給微軟，」等語，令人咋舌。
