1949年6月中，蔣介石從上海搭船來台，在高雄下船時曾問孫立人台灣安不安全，孫向蔣保證安全，此無異於引狼入室，不僅日後讓台灣社會與民眾陷入白色恐怖中，也給自己帶來麻煩。孫立人在中國大陸時就曾聽說蔣某人的殘暴，後者曾下令屠殺楊虎城一家人，連年幼小孩也不放棄，為何還讓蔣某人來台灣？他還將1949年初到日本與麥帥所談的話對蔣誠實以告，可見其心胸坦蕩，光明磊落。如果他有心叛變，大可拒老蔣於千里之外，或不告知他與麥帥會面之事，否則何必如此？
1949年10月中的金門古寧頭大戰，國府之所以大捷，原因除了日本退將根本博等人協助指揮外，更重要的是有孫立人在台所訓練的新軍201師發揮很大作用，否則當年若只靠蔣某人的黃埔嫡系將領湯恩伯與殘敗部隊，根本守不住，因為孫立人曾說：「那些從中國大陸敗逃到台灣的部隊已經徹底被擊潰，無法再作戰」。事實也是如此，因為湯恩伯貪生怕死，一直吵著請調回台灣避難，但蔣某人並不同意。換言之，孫立人對保衛金門也有重大貢獻，但是兩蔣與國民黨卻長期抹煞其資歷與戰功，還將其功勞攬為己有，難道不可恥嗎？
1950年7月31日，麥克阿瑟從東京飛到台北。蔣介石兩度接見會談，並分別發表聲明，蔣發表談話謂與麥帥會談已奠定中美共同保衛台灣與軍事合作之基礎。麥帥說：「他（蔣介石）的決心，與美國人與太平洋區一切人民獲得自由，不為奴隸這一共同興趣和目的，是平行一致的。」麥帥自然也與孫立人有熱絡互動，只是不知蔣某人看在眼裡有何感想，麥帥可能也不知道孫立人已經將1949年初他們在東京會面的事告知蔣某人。
當年孫立人對政治毫無興趣，十分討厭國民黨內軍政派系林立的現象。更糟糕的是孫立人與蔣經國關係微妙。孫立人是陸軍總司令，蔣經國是國防部總政治部主任，主抓軍隊內的思想教育工作。蔣經國試圖在軍中安插進很多政治工作人員，用特務統治軍隊。這讓孫立人很是反感，因為孫立人始終認為軍隊應「國家化」，而蔣經國則認為軍隊應「國民黨化」，孫立人與蔣經國之間自然會產生矛盾，種下日後被兩蔣政治迫害的主因之一。
1955年，國防部以「叛亂罪」處死了孫立人的部屬35人，關押數百人，其中有不少年輕女幹部被送到綠島「唱小夜曲」，受盡百般凌辱與折磨。兩蔣對孫立人是「准予自新，毋庸另行議處，由國防部隨時考察，以觀後效」。從此，孫立人像張學良那樣被幽禁起來了，一關就是33年！負責「照顧」孫立人的侍從、廚子等基本是結束訓練的特工出身。據孫立人的子女後來說，侍從與廚子身上隨時帶著手槍與匕首，每天盯著各角落，如果有任何「風吹草動」，就準備動手。身為功在國家的上將，尚且如此，一般民眾更不用說了。
奇怪的是軟禁孫立人還不給生活費，存心整死人家，後來實在不行了，孫立人寫信給蔣介石，希望撥一筆費用。蔣介石說撥款也可以，但你不能享受退伍軍人的待遇，我自己以總統的名義給你一點錢，其用意就是要羞辱孫立人，蔣介石可說是恩將仇報。蔣介石對曾經屠殺上千萬軍民的日本鬼子居然可以「以德報怨」，且對協助國軍守住金門的日本退將根本博等人禮譽有加，然而對有大功於國家的孫立人與其部屬，卻是「以怨報德」，是否很偽善？孫將軍不得已，只好與夫人張美英女士養豬、種菜，拿去市場賣以貼補家用！
