前航空局局長、飛航安全調查委員會主委沈啟22日至立法院交通委員會，進行業務概況報告時，引發立委質疑，復興航空兩起空難皆發生在其任內，卻在卸下局長一職後，接任飛安會職位，主持事件調查，有「球員兼裁判」之嫌。對此沈啟表示，自知不適合，願意請辭且「不受慰留」，而行政院長毛治國知悉後表示，尊重決定並在沈啟遞出辭職信前，火速予以免職。
民進黨籍立委葉宜津批評：「妳才剛卸任民航局長，馬上來接飛安委員會，調查在民航局長任內的空難事件，這不是球員兼裁判嗎？」立委們認為沈啟在調查報告出爐前，便接任飛安會主委一職，對空難受害者有失公允，且調查報告的結果也會受社會大眾質疑。
對於立委主張應辭去飛安會主委職務，沈啟解釋，飛安會由7位委員組成，調查過程中也有國際專家參與，不可能由委員擅自修改。並強調是看到人事令後，才知道要接任飛安會主委，自認不適合，鬆口願意請辭且「不受慰留」。
沈啟由行政院長毛治國指派擔任飛安會主委一職，但22日沈啟卻表示願意請辭且「不受慰留」。對此，行政院表示，尊重決定，沈啟表達無意擔任職務，顯示對職務與推動沒有意願，毛治國於媒體報導知悉後，已請人事行政總處進行作業，予以免職。
